В 1659 г. над св. воротами монастырской ограды (не сохранились) была освящена деревянная церковь в честь Иверской иконы Божьей Матери. 8 сентября 1661 г. патриарх Никон освятил деревянную церковь во имя Всех святых (впоследствии многократно перестраивалась). Последний ремонт в 1900 г. контролировался Императорской Археологической комиссией, которая заботилась о сохранении древнего вида памятника. Церковь выстроена на монастырском кладбище «для погребения мёртвых». Это небольшой одноглавый прямоугольный в плане храм. Глава была покрыта лемехом, а кровля – тёсом. В 1900 г. кладбище было окружено деревянной оградой из соснового леса: поставлены столбы и деревянные решётки. Сохранились фотографии церкви и кладбища, выполненные в 1884 г. Александром Васильевичем Вьюшиным и в 1886 г. Александрой Даниловной Постниковой (в монашестве Филарета). На них можно видеть особый тип захоронения – «в срубе», бытовавший в Поморье, в Онежском, Корельском и Кольском уездах; слой земли на Кий-острове невелик. Срубы представляли собой прямоугольные или квадратные ящики из брёвен или досок, установленные над землёй; они покрывались двускатной крышей, на коньке которой ставился крест. Кресты иногда ставились за «срубцем», в головах могил. На острове находились деревянные часовни: одна была построена «на рогу острова» в 1869 г., «в память пристанища на Кий-острове Патриарха Никона» во время перенесения мощей митрополита Филиппа из Соловецкой обители в Москву; другая («Никоновский крест с ковчегом») устроена над крестом, водружённым патриархом в честь своего спасения (Российский государственный архив древних актов). Обе не сохранились. Первая ограда была построена в 1658 г. плотниками монастырских вотчин (Российский государственный архив древних актов). Документы называют её «город рубленый». В ней имелись элементы крепостного сооружения: «Да в том городе в стенах и по углам семь башен рубленые, а внутри по стене городовой от башни до башни переходы, в стенах и в башнях бойницы, а тот город и башни покрыты тёсом с зубцами, да в тех башнях и под башнями оружие восемь пушек железных в станках» (Российский государственный архив древних актов). В 1782–1784 гг. ограда была перестроена мещанином города Онеги Иваном Фёдоровым Вдовицыным и крестьянином села Покровского Иваном Александровым Макаровым. В первой половине XIX в. ограда имела четырёхугольный план; по углам возвышались четыре башни, и одна была в центре восточной стены (Российский государственный архив древних актов). В 1855 г. ограда сгорела, в 1871 г. полностью восстановлена на старом фундаменте и в старых формах: «Ограда деревянная крашеная… в ограде трои врата створные и три калитки… на башнях утверждены шпили с флюгерами…; длина всей ограды с башнями 250 сажен» (Российский государственный архив древних актов). К юго-западу от комплекса каменных сооружений сохранился небольшой участок ограды (1871 г.) с четырёхгранной башней. До середины XVIII в. все кельи в Кий-Островском монастыре были деревянными, в том числе «соборная», куда «архимандрит с соборной братиею приходят на собор для монастырских дел», «шваленная», где «портные и чоботные швали живут», келья для псаломщиков и др.