О первых настоятелях, которые, как правило, назначались из других обителей (Новоиерусалимского Воскресенского, Иосифова Волоколамского монастырей), исследователям известно немного. Во главе Кий-Островского монастыря стояли архимандриты. При первом архимандрите Иоанне и его последователе архимандрите Феофане сооружены главные каменные и деревянные храмы монастыря. В 1797–1800 (1798–1803?) гг. Кий-Островский монастырь возглавлял архимандрит Никон, ректор Архангельской духовной семинарии. В число настоятелей на протяжении XIX в. входили бывшие ректоры Архангельской семинарии: в 1806–1817 гг. – Кирилл (Киприянов), в 1820–1821 гг. – Павел (Павлов-Морев), в 1827–1830 гг. – Неофит (Соснин; впоследствии архиепископ Пермский и Верхотурский). В 1821–1826 гг. во главе Кий-Островского монастыря стоял архимандрит Антоний (Домкинский), бывший инспектор Новгородской духовной семинарии и ректор Архангельской духовной семинарии. В 1839–1847 гг. Кий-Островский монастырь возглавлял миссионер, просветитель ненцев (самоедов) архимандрит Вениамин (Смирнов), который на собранные пожертвования приобрёл для монастыря подворье в Архангельске. В декабре 1842 г. по предложению архангельского гражданского губернатора Платона Викторовича Степанова архимандрит Вениамин стал членом-корреспондентом Архангельского губернского статистического комитета. 8 июня 1855 г., при архимандрите Ниле, в Кий-Островском монастыре случился пожар. Восстановление разрушенных монастырских зданий состоялось позже, при архимандрите Кирилле (1868–1870 гг.) и архимандрите Нектарии (1870–1881 гг.). 28 июня 1885 г., при настоятеле (1884–1886 гг.) архимандрите Иувеналии, Кий-Островский монастырь посетил великий князь Владимир Александрович. В 1886–1891 гг. обитель возглавлял бывший наместник Соловецкого монастыря архимандрит Варлаам (Горбачёв). Во второй половине ХVII в. была выстроена небольшая каменная усыпальница настоятелей. В списке упоминается лишь три настоятеля, почивших на острове в ХIХ в.: архимандриты Никон, Кирилл и Амвросий (Черноруцкий). Царскими указами начиная с 1656 г. к Кий-Островскому монастырю были приписаны многочисленные северные деревни, в которых проживало 4537 крестьян. В основу неопубликованной рукописи 1966 г. Алексея Германовича Гемпа «Вотчины и вотчинные крестьяне Онежского Крестного монастыря (вторая половина ХVII в.)» легли документы монастырского архива. Монастырь способствовал расширению традиционных промыслов и ремёсел северного населения. Наиболее доходной отраслью экономики Кий-Островского монастыря в ХVII–ХVIII вв. был рыбный промысел. Только в 1679 г. «на пропитание братии и того монастыря служебникам и детенышем и приезжим разных чинов людем» израсходовано «356 пудов семги, 888 пудов палтуса, 347 пудов трески, 49 пудов трескового сала», добытых на мурманских тонях. Рыбу ловили не только в Белом море, но и в озёрах и реках. Ежегодно около 30 пудов отсылали в Москву «на великого князя обиход на Кормовой дворец оброчные рыбы семги Порожской и Подпорожской волостей», располагавшихся на реке Онеге. Из этих же волостей рыбу отправляли и на «патриарший обиход». Рыбу добывали крестьяне монастырских волостей, она поступала в обитель в качестве оброка.