Для заполнения оконных проёмов в XVII–XVIII вв. использовали слюдяные оконницы, шитые оловом. На рубеже XVIII и XIX вв. древние слюдяные оконницы монастырских построек постепенно заменяли оконные переплёты со стеклянным заполнением. Упоминаются не только «белые» стёкла, но и зелёные. Последние были приобретены в 1784 г. «в монастырские церковные окна и для починки в настоятельских и прочих кельях окончин» (Российский государственный архив древних актов). О строительных инструментах исследователям известно мало. Для добычи камня использовали кирку и лом. В 1660 г. Кий-Островский монастырь заказал кирки и ломы кузнецу Трошке Устьмошанину, и он ковал их «на Биричеве» (Российский государственный архив древних актов). Строительная практика Кий-Островского монастыря формировалась во взаимодействии с культурой сопредельных северных территорий (Каргополь, Белоозеро) на основе богатейшего опыта плотницкого и столярного ремесла на Севере, в первую очередь – в монастырских вотчинах. Историк архитектуры Михаил Андреевич Ильин полагал, что первый храм Кий-Островского монастыря был деревянным, Г.В. Алфёрова это исключала. Письменные источники подтверждают мнение М.А. Ильина. Уже в марте 1657 г. опись монастыря упоминает «Церковь Воздвижения Честного и Животворящего Креста Господня, а в ней крест» (Российский государственный архив древних актов). В приходо-расходных книгах сказано, что к лету 1657 г. деревянная церковь с трапезной была построена: «Июля в 26 день каргопольским плотникам Гришке Георгиеву, Ваське Прокопьеву, Трушке Яковлеву с товарищи дано в додаче тридцать рублев денег за работу, что оне делали церковь и трапезу по записи… дано за потешенье и на дорогу пять рублев денег» (Российский государственный архив древних актов). После завершения в 1661 г. строительства каменного Крестовоздвиженского храма деревянную церковь переосвятили в честь Собора архангела Михаила. Обе церкви, каменная и деревянная, были освящены в один день, 4 сентября 1661 г.: «...В новую каменную церковь... Воздвижения... к освящению церкви на престол и на жертвенник выдано пятьдесят восем аршин полотен... тонких… И того ж числа на освящение церкви Воздвижения Честного Креста и Михаила Архангела про церковный обиход выдано 38 гривенок больших и малых» (Российский государственный архив древних актов). Переписные книги обители второй половины XVII в. неоднократно упоминают Михаило-Архангельскую церковь с келарской и трапезной. В 1689 г. вместо деревянного трапезного комплекса была построена тёплая каменная церковь в честь Рождества Пресвятой Богородицы с келарской и трапезной. Это подтверждает переписная книга 1693 г.: «Церковь Собор Архистратига Михаила с трапезою ветхая…, а чего налицо против прежних переписных книг... не объявилось, перенесено в каменную церковь и в трапезу Рождества Богородицы» (Российский государственный архив древних актов). Обветшавшая деревянная церковь Собора архангела Михаила с трапезной и келарской упомянута в 1694 г. (Российский государственный архив древних актов) и в последний раз – в 1699 г. (Российский государственный архив древних актов). В 1708 г. на хорах Крестовоздвиженского собора был освящён придел архангела Михаила; к этому времени первый деревянной церкви на Кий-острове уже не существовало (Российский государственный архив древних актов).