Дольше всех просуществовало подворье в Онеге, сгоревшее в 1886 г. На его месте был построен флигель, а в 1888 г. – часовня Успения Пресвятой Богородицы. «Назначение сей часовни собственно для приходящих богомольцев, следующих в Соловецкий монастырь». Сохранился её чертеж (Государственный архив Архангельской области). Подобно Соловецкому и другим монастырям, Кий-Островский монастырь был местом ссылки и заточения. В 1721 г. в Кий-Островский монастырь был сослан запрещённый в служении иеродиакон Иоасаф «за оскопление себя» и побег из санкт-петербургского Александро-Невского монастыря («Отчет о движении денежных средств», том 1), в 1722 г. – насельник Козеручьевского Спасского монастыря Архангельской губернии иеромонах Виталий. В 1730 г. в Кий-Островский монастырь на 12 лет сослали лишённого сана Воронежского епископа Льва (Юрлова), в 1770 г. – насельника Мгарского в честь Преображения Господня монастыря иеромонаха Вениамина (ум. в 1771 г.). В ХIХ в. в Кий-Островский монастырь ссылали раскольников. В 1825–1843 гг. здесь пребывал раскольник Исаия Алексеев, сосланный по повелению императора. Другой раскольник, Димитрий Алексеев, умер в монастыре, отсидев 25 лет (1830–1855 гг.), но так и не раскаявшись. В 1838–1843 гг. «за побег к раскольникам» и исполнение у них треб в Кий-Островский монастырь был отправлен лишённый сана священник Тамбовской губернии Е. Парфеньев (Государственный архив Архангельской области). Данных о раскольниках в монастырских вотчинах мало. Историк Пётр Иванович Иванов приводит слова из письма стольника В.П. Поскочина о рассылке по приходам новых «служебников»: «А какой поп не будет служить по служебникам Патриарха Никона, того посылать в монастырь и сажать на цепь муку сеять». Земли бывшей вотчин обители после секуляризации вошли в Онежский уезд, «едва ли не единственный в Архангельской губернии, в котором почти нет раскольников» («Краткое историческое описание приходов и церквей Архангельской епархии». Архангельск, 1896 г., выпуск 3). Сохранились каменные собор Воздвижения Креста Господня (1657–1661 гг.), церковь в честь Происхождения честных древ Животворящего Креста Господня (1661 г.) с примыкающими каменными кельями (1753 г.) на погребах (1693 г.), церковь в честь Рождества Пресвятой Богородицы с трапезной и келарской палатами, колокольней и усыпальницей (1689 г.), деревянная церковь во имя Всех святых (1661 г.), фрагмент деревянной ограды с башней (1871 г.), деревянные настоятельский (1871 г.) и братский корпуса (1903 г.). Строительством первых сооружений на Кий-острове руководили старцы Нифонт и Исаия, а также стольник Василий Поскочин, направленные патриархом Никоном. В 1656 г. из Сырьинского монастыря на реке Онеге был отпущен старец Пахомий, чтобы «учинить чертеж» Кий-острову. Однако чертежи зданий Кий-Островского монастыря сохранились только с конца ХVIII в., когда были составлены Атласы Архангельской губернии (Панорама Кий-острова, рисованная с натуры и раскрашенная акварелью // «Российский государственный военно-исторический архив»). После пожара 1855 г. для осмотра обгоревших построек по распоряжению Архангельской губернской строительной комиссии был командирован архитектор Г.К. Иванов, который составил акт «О состоянии этих зданий и проект на возобновление оных» (Российский государственный исторический архив).