Среди них – волости Чекуевская, Чюхчин Бор, Мудьюга, Вонгуда, Подпорожье, Пияла, Вазинга (Вазенская), Поле на реке Кодина и др. На морском берегу – Ворзогоры, Кушерека «с деревнями и с пустошами и реки и с озеры и с рыбными ловлями и со всякими угодьями». В 1658 г. монастырю была передана часть земель вдоль рек «с рыбными ловлями» в Кольском уезде. Эти земли были известны соляными варницами, рыболовными и зверобойными промыслами, смолокурением и лесозаготовками. Патриарх приписал к строящейся обители Трифонов Печенгский монастырь, а Новгородский митрополит Корнилий – ещё две пустыни – Сырьинскую и Благовещенскую на Касьяновом Волочке на реке Онеге. В 1660 гг. монастырю принадлежали сёла в Вологодском и Белозерском уездах, но вскоре они были отобраны. Вотчины, пожалованные патриархом, либо покупались, либо отбирались у других владельцев. У Соловецкого монастыря в пользу Кий-Островского монастыря была отобрана Кушерецкая волость, у Антониева Сийского монастыря – земли на реке Иоканьге. В 1686 г. Кий-Островский монастырь захватил деревню Калитинскую, принадлежавшую Кожеезерскому Богоявленскому монастырю, после чего было проведено специальное расследование и размежевание земель. После низложения патриарха Никона (1666 г.) Кий-Островский монастырь потерял не только своего покровителя, но и часть вотчин, возвращённых прежним владельцам. В 1682 г. на три месяца Кий-Островский монастырь был приписан к Новоиерусалимскому Воскресенскому монастырю, затем указ был отменён. В период преобразований императора Петра I с вотчин Кий-Островского монастыря собирали деньги на «корабельное строение», из монастырской казны направлялись средства на возведение Новодвинской крепости, монастырские крестьяне были её строителями. Только в 1702 г. от Кий-Островского монастыря потребовали 99 человек (по одному с пяти дворов), с лопатами, кирками и другим инвентарём, а также 27 лошадей. В ХVIII в. земли по реке Онеге, богатые лесными угодьями, стали интересовать иностранцев. С 1756 г. при монастыре на рогу (мысе), как на удобном и безопасном месте для пристанища всякого рода судов, устраивалась купеческая лесная биржа с таможней. На рейде у Кий-острова была стоянка, и осуществлялась погрузка судов с лесоматериалами. Английский купец Уильям Гомм в юго-восточной части острова выстроил лесную биржу. Остров стал местом временного хранения лесоматериалов. За период навигации корабли совершали до 70 рейсов к острову. Лес доставляли на корабли, стоящие на рейде, на плоскодонных лодках. В начале ХIХ в. на содержание Кий-Островского монастыря из казны ежегодно выделялось 1684 руб. 66 коп. Монастырю были оставлены более 193 десятины земли с лесными угодьями на материке, из которых 150 десятин занимали леса. Земли сдавались в аренду, от чего Кий-Островский монастырь получал небольшой доход. Во второй половине ХVII в. Кий-Островский монастырь вёл строительство подворья в Архангельске, в Устьянской волости (Усть-Онеге), имел «дворы» в Москве, Каргополе и Турчасове, фактории на Терском берегу Белого моя – на реках Поной и Лахта и в заливе Мурман. Фактории были предназначены для продажи или обмена монастырских товаров на товары, привозимые иностранными судами.