Строения монастыря, уцелевшие после интервентов, пострадали в 1855 г. от пожара, уничтожившего почти все деревянные здания. Восстановление комплекса Кий-Островского монастыря, производившееся под наблюдением особой комиссии, затянулось на годы. Деньги на работы были выделены только в 1870 г. Писатель Сергей Васильевич Максимов, посетивший Кий-остров в 1856 г., сообщал, что монастырь беден и существует «весьма незначительными и редкими вкладами Соловецких богомольцев». Среди немногих паломников, останавливавшихся в монастырской гостинице на Кий-острове в начале ХХ в., был художник Абрам Ефимович Архипов. В 1910 гг. островные пейзажи привлекли северного художника и писателя Степана Григорьевича Писахова, картины которого хранятся в собрании Архангельского музея изобразительных искусств. В 1921 г. Кий-Островский монастырь был упразднён. В годы иностранной интервенции и гражданской войны на Кий-острове дислоцировалась английская военная база, были сделаны укрепления, установлены дальнобойные орудия. В монастырских помещениях размещался склад боеприпасов и продовольствия. После закрытия Кий-Островского монастыря на его территории находилась детская колония (Государственный архив Архангельской области), а в 1924 г. – дом отдыха «Кийский» – первое курортное заведение на Севере (принадлежит Федерации профсоюзов Архангельской области, которая является арендатором памятников). В 1930 гг. добычей камня на Кий-острове занимались заключённые «Сороклага» – строители Беломорско-Балтийского канала. В Крестовоздвиженском соборе, который использовался как клуб, в 1960 г. была построена кинобудка, в алтарной части устроена сцена. Каменный келейный корпус «на погребах» стал хранилищем овощей, в одностолпной трапезной палате устраивали танцы. В результате активной эксплуатации монастырских построек в советское время архитектурный ансамбль Кий-Островского монастыря был доведён до аварийного состояния. Лишь в 1965 г. Архангельский облисполком выделил средства для проведения первоочередных консервационных работ. С 1968 г. реставрацией на Кий-острове занимались студенты Московского химико-технологического института имени Дмитрия Ивановича Менделеева под руководством Гали Владимировны Алфёровой. В 1976 г. был организован Онежско-Кийский филиал Соловецкого государственного историко-архитектурного и природного музея-заповедника, проектные и реставрационные работы вели специалисты объединения «Росреставрация» (Москва). Но затем филиал был расформирован, работы прекращены. В 2013 г. консервация архитектурных памятников на Кий-острове проводится по инициативе дома отдыха. В списке памятников федерального значения на острове числится восемь объектов: Крестовоздвиженский собор, церковь Всех святых, храм Рождества Пресвятой Богородицы с трапезной палатой, церковь Происхождения честных древ Животворящего Креста Господня, колокольня, настоятельский и братский корпуса. С 1991 г. на территории Кий-Островского монастыря возрождается духовная жизнь, освящён Крестовоздвиженский собор. Настоятель Троицкого собора города Онеги каждый летний сезон совершает на острове службы для паломников.