В 1077/1078 г. в результате внутримонастырского мятежа, о причинах которого источники умалчивают, преемник Феодосия сначала был лишён игуменства, а затем и вовсе изгнан из обители. Исследователи полагают, что смещение игумена Стефана было связано с претензиями на старейшинство в Киево-Печерском монастыре Никона Великого, вернувшегося из Тмутаракани около 1077 г. Опираясь на финансовую помощь бояр, своих «духовных сыновей», игумен Стефан основал неподалёку на Клове собственный монастырь, посвящённый Влахернской иконе Божьей Матери. При игумене Никоне (1077/1078 – 1088 гг.) велись работы по украшению интерьеров Успенского собора. В этот период обучение ремеслу художника в обители проходил Алипий – первый известный по имени иконописец Древней Руси. Период настоятельства игумена Никона был отмечен попыткой церковного прославления Антония, которая выразилась в составлении его Жития. Но, как полагают исследователи, эта инициатива не нашла поддержки у духовных и светских властей Киева, хотя факт почитания преподобного в монастыре у исследователей не вызывает сомнений. В Житии Феодосия Нестор отмечает, что игуменство Никона не было спокойным временем для обители: неоднократно предпринимались попытки поднять мятеж против настоятеля. 14 августа 1089 г., в первый год игуменства Иоанна, с участием Киевского митрополита Иоанна II, епископов Луки Белгородского и Иоанна Черниговского, Исаии Ростовского и Антония Юрьевского состоялось торжественное освящение Успенского собора («Полное собрание русских летописей», том 1). Вскоре после этого было принято решение о перенесении в него мощей Феодосия Печерского. Не располагая поддержкой великокняжеской власти и митрополии, митрополит Иоанн предпочёл опереться на ту часть епископата, которая была воспитана в стенах Киево-Печерского монастыря. Приглашение принять участие в торжествах получили епископы Ефрем Переяславский, Стефан Владимирский, Иоанн Черниговский. В «Повести временных лет…» под 6599 (1091) г. сохранилось подробное описание обретения мощей Феодосия. За три дня до праздника Успения Богородицы игумен и автор рассказа посетили место погребения преподобного, где обозначили место будущего раскопа. Копать предстояло «кроме устья», т.е. в стороне от заложенного входа в пещеру, как полагают исследователи, чтобы не допустить обрушения кладки и повреждения мощей. Таким образом, необходимо было выкопать новый вход в пещерную келью Феодосия. Игумен распорядился не сообщать никому из братии о предстоящих раскопках и взять в помощь одного из иноков. Вечером 12 августа монахи отправились в пещеру. Работая попеременно, они трудились до самой полуночи и уже начали переживать, что копают не в ту сторону. Но в момент, когда в монастыре ударили в било к заутрене, вход в пещеру был прокопан. Обретение мощей сопровождалось чудесными знамениями. Два черноризца стали свидетелями явления трёх огненных дуг, которые протянулись от пещеры к церкви, «иде же положенъ бысть Феодосий». «Зарю великую» над пещерой видел в Богородицком монастыре на Клове епископ Стефан. Взяв с собой ученика Климента, он поспешил отправиться к месту погребения своего учителя. О том, что путь к мощам прорыт, уведомили игумена, который вскоре пришёл в сопровождении двух монахов.