Если на ранее оккупированных территориях (Украина, Белоруссия, западные области РСФСР) в связи с легализацией подавляющего большинства незарегистрированных приходов активность церковного подполья падает до минимума, то на оставшейся территории РСФСР, где процесс регистрации религиозных общин сдерживался властями, с середины 1940 гг. происходит подъём катакомбного движения. Появлялись новые виды неподконтрольной властям церковной деятельности, например, богослужения, совершаемые зарегистрированными священниками за пределами своего прихода (что было запрещено с 1929 г.). Получили широкий размах церковная благотворительность, хозяйственная деятельность, паломничества к святыням. На территории СССР существовали несколько десятков центров нелегальных паломничеств регионального значения, т.е. такие места, которые посещали жители нескольких соседних областей. Наиболее заметными центрами были колодец на месте курской Коренной пустыни (от 7 до 15 тыс. паломников во второй половине 1940 гг.), озеро Светлояр (Светлое, Святое) в Горьковской области (до 10 тыс. паломников), село Великорецкое в Кировской области, Солёный ключ (Солёные ключи) в селе Табынском Башкирской АССР (до 10 тыс.), «святая гора» в Урюпинске Сталинградской области. Существовало множество объектов паломничества «местного значения». В 1940 гг. катакомбное движение окончательно поляризуется. Примерно две трети незарегистрированных общин стремились легализоваться и вернуться к храмовому богослужению, сохранить традиционную религиозную культуру. Но оставшаяся треть осознала своё подпольное положение как норму, сформировав новую «катакомбную» религиозную субкультуру, черты которой проявились ещё в довоенный период. В годы Великой Отечественной войны большая часть немногочисленных оставшихся в живых деятелей церковной оппозиции («непоминающие» и иосифляне) со своими общинами примирилась со священноначалием Московского патриархата и перешла к легальному служению. Другие священники, принадлежавшие к нелегальной церковной оппозиции, были репрессированы в ходе вновь усилившегося в 1940 гг. преследования нелегальных религиозных организаций, в том числе из умеренных «непоминающих» общин. Так, например, в 1943–1946 гг. в Москве по делу «Антисоветское церковное подполье» были выявлены и репрессированы священники нелегальных церковных общин, признававшие своим духовным руководителем епископа Афанасия (Сахарова), одного из наиболее авторитетных деятелей «непоминающих». Находясь в заключении, епископ Афанасий воссоединился со священноначалием РПЦ после поместного Собора 1945 г. и призвал к тому же своих сторонников. К концу 1940 гг. общины церковной оппозиции практически лишились последних окормлявших их иереев. Оставшись без пастырей, эти религиозные сообщества, которые в официальных советских документах именовали организациями ИПЦ, соединились с эсхатологическими полусектантскими группами, обобщенно названными «истинно православные христиане» (ИПХ).