В то же время для игуменьи Афанасии термин «катакомбы» распространялся на все противостоявшие обновленчеству православные общины, возносившие за богослужением вопреки запрету властей имя патриарха Тихона. Характерно, что в 1920–1930 гг. термин «катакомбы» для обозначения нелегальных православных общин не был общепринятым. Нелегальные «домашние монастыри» появлялись обычно недалеко от закрытых обителей, в окрестных сёлах и городах. В деревнях Подмосковья поселились монахини московского во имя преподобного Алексия, человека Бжия, женского монастыря, подмосковных Зосимовой во имя Святой Троицы и в честь Смоленской иконы Божьей Матери «Одигитрия» женской пустыни и Аносина Борисоглебского женского монастыря. В город Муром переселились сёстры Серафимова Дивеевского во имя Святой Троицы женского монастыря, превратив один из городских храмов в «подобие маленького Дивеевского подворья». В Кирсанове (ныне Тамбовской области) монахини Оржевского Боголюбского Тишениновского женского монастыря проживали общинами по 4-6 человек, образовав вместо одного закрытого большого монастыря множество крошечных. Насельницы женских обителей зарабатывали на жизнь шитьём, огородничеством, становились регентами, казначеями приходских храмов. Иеромонахи закрытых мужских монастырей служили священниками в приходских храмах, которые оказывались своего рода легальным прикрытием для продолжавших тайно существовать монашеских общин. Так, монахи закрытой Оптиной в честь Введения во храм Пресвятой Богородицы мужской пустыни поселились при Георгиевском храме города Козельска, насельники Смоленской иконы Божьей Матери Зосимовой мужской пустыни – при ставших приходскими храмах московского Выскопетровского во имя святителя Петра, митрополита Московского, мужского монастыря, иноки Коряжемского во имя святителя Николая Чудотворца мужского монастыря – при соборе города Лальска (ныне посёлок Кировской области), где монахи жили под храмом в бывшем складском помещении. Помимо нелегальных общин, основанных насельниками закрытых монастырей, существовали новые общины, которые возникали благодаря стремлению к духовному аскетическому опыту молодых людей, не имевших до революции практики монашеской жизни. Уже изначально такие общины образовывались как тайные. Весной 1922 г. по благословению Петроградского митрополита Вениамина (Казанского) были созданы две незарегистрированные монашеские женские общины – в Старом Петергофе и в Петрограде, на Конной улице. Петроградскую общину возглавлял благочинный женских монастырей Петроградской епархии архимандрит Гурий (Егоров; впоследствии митрополит), насельник Александро-Невской лавры, один из руководителей Александро-Невского братства, а старопетергофскую – иеромонах Варсонофий (Верёвкин). В 1932 г. старопетергофская тайная обитель была разгромлена, но подпольная монашеская община, преемственно связанная с Александро-Невским братством, продолжила существование под руководством архимандрита Гурия, поселившегося с 10-15 учениками (как мужчинами, так и женщинами) сначала в Бийске, а потом в Ташкенте и Фергане.