Религиозная деятельность без официальной регистрации рассматривалась властями как проявление враждебности по отношению к Советскому государству. Однако на деле, став массовым и повсеместным явлением, нелегальная церковная жизнь далеко не всегда вела к преследованиям. Местные власти часто были осведомлены о совершавшихся незарегистрированными общинами богослужениях, но, не считая это серьёзным преступлением и не желая лишаться работников и портить свою отчётность, не сообщали об этом в вышестоящие инстанции. Нелегальная церковная жизнь носила исключительно разнообразный характер. Фактически за пределами легальности оказались все формы церковной деятельности, запрещённые советским законодательством. По словам одного из современников, «жизнь Церкви уходила в подполье... Не сама Церковь, но жизнь, деятельность её». В подполье продолжало развиваться духовное образование. Несмотря на запреты, работали церковно-образовательные кружки для детей и взрослых, причём иногда довольно многочисленные. Существовали в церковном подполье и высшие учебные заведения. В частности, Московская духовная академия покинула Сергиевский посад (ныне город Сергиев Посад) осенью 1919 г., но, по крайней мере, до начала 1935 г. продолжала работать в Москве нелегально. Профессора читали лекции в подсобных помещениях различных московских храмов, студенты писали выпускные работы, сдавали экзамены и получали дипломы на старых бланках Московской духовной академии. Одной из наиболее важных в период репрессий была благотворительная деятельность, сурово преследуемая советской властью. Однако именно благотворительность в условиях повседневного притеснения верующих получила особенно широкое распространение. Помощь «лишенцам», их семьям и репрессированным священнослужителям была как общинная, так и индивидуальная. Общины помогали своим высланным или заключённым пастырям и прихожанам. Часто благотворительную деятельность организовывали и координировали епископы – архиепископ Августин (Беляев), архиепископ Варфоломей (Ремов), епископ Иона (Лазарев), епископ Стефан (Виноградов) и др. Возникали уникальные формы благотворительности. Амбарцумов Владимир Амбарцумович организовал помощь семьям священнослужителей-«лишенцев», прикрепив к семьям, твёрже стоявшим на ногах, для оказания нуждавшимся заранее определённой регулярной помощи. В некоторых приходах организовывали небольшие приходские больницы и благотворительные кассы. Хозяйственная деятельность церкви также переместилась в нелегальную сферу. После ликвидации церковных типографий начал активно развиваться религиозный самиздат: копировали от руки или машинописным способом как дореволюционные издания, так и новые произведения – документы церковной публицистики 1920 гг., сочинения авторитетных пастырей. Потребность в элементарных предметах церковного обихода (свечах, просфорах, нательных крестах, венчиках для отпеваний) удовлетворялась за счёт кустарного производства. Объём производства подпольных церковных мастерских мог быть очень значительным. Создание таких мастерских преследовалось властями. Власти пресекали и распространение изготовленных верующими предметов церковного обихода и литературы.