Храм часто становился недействующим и в случае ареста всего клира, хотя формальное решение о снятии его с регистрации при этом могло и не приниматься. Массовое закрытие храмов в 1928–1931 гг. затронуло приходы в канонической юрисдикции РПЦ в не меньшей степени, чем общины церковной оппозиции. За эти годы число зарегистрированных православных общин (без обновленческих и григорианских) сократилось с 28 до 23 тыс. Кампания по закрытию храмов сопровождалась массовыми репрессиями против духовенства. К середине 1930 гг. лишение церковных общин регистрации приняло уже повсеместный характер. Упразднение храмов в сельской местности власти обычно увязывали с завершением процесса «сплошной коллективизации», поскольку пропагандировалось, что «коллективизированное крестьянство неверующее». В 1936 г. в стране сохранили регистрацию около 14 тыс. приходов РПЦ (из них 12,7 тыс. в РСФСР и 1,1 тыс. на Украине). Наиболее тяжёлым для церкви стал следующий, 1937 год, когда лишились регистрации и были официально упразднены более 8 тыс. православных приходов. В том же году советское руководство рассматривало вопрос об окончательной ликвидации легальных структур Русской церкви и об отмене постановления 1929 г. как «содействующего организованности церковников». Хотя предложения ряда советских деятелей о полной делегализации церкви не были поддержаны высшим партийным руководством, закрытие оставшихся церквей активно продолжалось одновременно с репрессиями против уцелевшего духовенства. В начале 1939 г. официальная регистрация сохранилась всего у около сотни храмов в РСФСР и 370 – на Украине. В каждой епархии было лишь несколько действующих церквей, во многих епархиях не осталось ни одной. В подобной ситуации оказались и обновленцы, несмотря на активную поддержку ими всех мероприятий советской власти; немногие легальные приходы сохранились и у григориан. Несмотря на усилия советских властей искоренить веру, во время Всесоюзной переписи 1937 г. 57% взрослого населения страны открыто заявило о своей религиозности (две трети всех жителей в сельской местности и одна треть в городах). Поскольку немногие остававшиеся действующими храмы не могли удовлетворить потребности верующих, религиозная жизнь вынужденно переместилась в нелегальную сферу. К концу 1930 гг. общины без официальной регистрации стали в СССР основной формой организации верующих. Богослужения проводились либо уцелевшими священниками местных закрытых храмов, либо странствующими клириками. В отсутствие священнослужителей деятельность лишённых легального статуса общин сводилась, как правило, к совместным молитвам и чтению богослужебных книг. Жизнь тайной общины организовывалась вокруг бывшего старосты или регента либо монахинь соседнего закрытого монастыря, а иногда – вокруг уцелевшей святыни, чаще всего иконы из закрытой церкви. Богослужения могли совершаться в домах прихожан (видимо, так происходило в большинстве случаев), в почитаемых местах (в частности, у источников), в лесах, в безлюдной местности, где устраивались потаённые молельни в шалашах, землянках или пещерах. Изолированность, отсутствие архипастырского и даже часто пастырского окормления приводили к упадку религиозной жизни нелегальных общин.