Великая Отечественная война привела к серьёзным изменениям в отношениях государства и церкви в СССР. После встречи 4 сентября 1943 г. главы Советского государства Иосифа Виссарионовича Джугашвили (Сталина) с патриаршим местоблюстителем митрополитом Сергием (8 сентября 1943 г. избран патриархом Московским и всея Руси) церковь и верующие получили значительно большие, чем раньше, возможности для легальной деятельности. В военный и послевоенный периоды произошло возвращение к открытой церковной жизни большинства подпольных общин. Причинами таких изменений стали как заинтересованность советских властей в укреплении своей внешнеполитической репутации, так и патриотическая позиция, занятая во время войны Русской церковью, в том числе большинством нелегальных общин. Определённую роль также сыграла политика немецких военных властей на оккупированных советских территориях. Оккупационные власти не препятствовали стихийному массовому открытию храмов, выходу из подполья тайных священнослужителей. Всего во время оккупации вновь стали действовать около 10 тыс. храмов. После освобождения оккупированных территорий порядка 70% открывшихся там церквей получило от советских властей официальную регистрацию, в том числе 4,6 тыс. храмов – на Украине, 300 – в Белоруссии, более 2 тыс. – в западных областях РСФСР. Во время оккупации происходило и возвращение тайных монашеских общин в покинутые обители. Так, настоятель Глинской пустыни архимандрит Нектарий (Нуждин), руководивший после её закрытия тайной монашеской общиной в Путивле, в 1942 г. вернулся со своими духовными детьми в обитель и возобновил там монашескую жизнь. Всего на оккупированной территории появилось 54 монастыря (48 – на Украине, пять – в РСФСР и один – в Белоруссии). Легальная приходская жизнь возрождалась и на территории СССР, не затронутой оккупацией, но этот процесс проходил там гораздо сложнее. Приходские общины с начала 1944 г. активно подавали прошения о регистрации, однако властями удовлетворялось лишь около пятой части ходатайств – в основном, там, где просьбы верующих были особенно многочисленными и настойчивыми. Всего в 1944–1947 гг. на не затронутых оккупацией территориях по разрешению советских властей было открыто около 1,3 тыс. церквей. В 1948 г. регистрация новых церковных общин была прекращена; в 1949–1953 гг. происходило закрытие церквей, их число за эти годы снизилось примерно на 1 тыс. (в основном, за счёт храмов на бывшей оккупированной территории). Важной составляющей процесса легализации был выход на открытое служение духовенства, тайно совершавшего богослужения. В 1940 гг. незарегистрированное духовенство, нелегально окормлявшее население после закрытия церквей, было главным кадровым резервом церкви. Так, в Рязанской епархии около 80% священников, служивших здесь к 1951 г., раньше состояли за штатом. Бывшие тайные священники пополняли ряды епископата. Так было с архимандритом Гурием (Егоровым), с иеромонахом Иоанном (Вендландом), со священником Сергием Никитиным (впоследствии епископ Стефан).