Иосифлянство рассматривалось советскими властями как наиболее опасное для них церковное течение. С 1928 г. против иосифлян было проведено несколько репрессивных кампаний. За два – три года в заключении оказались практически все иосифлянские епископы и около половины поддерживавшего их клира. Одновременно с репрессиями против духовенства шла ликвидация иосифлянских храмов, при этом большинство из них закрывалось, и лишь малая часть передавалась приходам в канонической юрисдикции. К 1931 г. в Ленинграде у иосифлян было лишь девять действующих храмов, а к 1932 г. там уже практически не было зарегистрированного иосифлянского духовенства. В 1933 г. последний иосифлянский храм был закрыт в Москве. В дальнейшем в СССР уцелели считанные единицы легальных приходов церковной оппозиции. Поставленные перед невозможностью открыто совершать богослужение приходы церковной оппозиции массово переходили к катакомбному служению. Клирики совершали богослужения и исполняли требы тайно. Престолы с антиминсами устраивали в частных домах, доступ в которые был открыт только для членов общин. По версии органов ОГПУ, общины церковной оппозиции являлись «филиалами» контрреволюционной нелегальной «Истинно православной Церкви» (ИПЦ). В дальнейшем в литературе получило распространение мнение, что с конца 1920 гг. в СССР действовала катакомбная ИПЦ с многочисленной иерархией, якобы включавшей в себя тайный епископат иосифлянской, андреевской и даниловской (по Даниловской группе) традиций. В настоящее время большинство авторитетных исследователей считают утверждения о существовании катакомбной церкви как особой церковной организации с иерархичной структурой не соответствующими действительности. Церковная оппозиция представляла собой не единую организацию, а совокупность автономных общин и групп, поддерживавших между собой эпизодические контакты. В ряде регионов нелегальные церковные общины, не признававшие митрополита Сергия, обобщённо называли по имени местного оппозиционного архиерея: буевцы – сторонники Козловского епископа Алексия (Буя) в Центральном Черноземье, викториане – последователи Глазовского епископа Виктора (Островидова) в Среднем Поволжье и Предуралье, уаровцы, ерофеевцы, нектариевцы и др. Репрессии против церковной оппозиции совпали с общим ужесточением антирелигиозной политики Советского государства с целью лишить церковь возможности легального существования. Главным объектом делегализации в этот период являются низовые объединения верующих. В апреле 1929 г. было издано постановление ВЦИК и СНК РСФСР «О религиозных объединениях» (аналогичные законодательные акты были приняты и в других союзных республиках). Православные приходы отныне подлежали обязательной перерегистрации по новым, ужесточённым правилам. У властей существовало много возможностей для отказа приходу в регистрации или для снятия с неё: уличение хотя бы одного из членов приходского совета в «контрреволюционной деятельности»; аварийное состояние здания храма (при запрете на его ремонт); наличие поблизости образовательного учреждения; целесообразность использования здания храма государственными или общественными организациями в своих целях; требования местной «общественности» о закрытии церкви.