Далее следует стихотворение ректора Киевского коллегиума Варлаама (Ясинского) «На автора книги сей», в конце – алфавитный указатель и перечень ошибок. Часть тиража, предназначавшаяся для членов царской семьи и для продажи в Москве, включает посвящение царю Алексею Михайловичу, в котором царь сравнивается с Иисусом Христом; в остальных экземплярах посвящение царю отсутствует. В августе 1669 г. «Мессия правдивый...» был послан в Москву, во время аудиенции у царя 3 октября 1670 г. Иоанникий лично вручил ему экземпляр этого сочинения. В 1670–1671 гг. Иоанникий просил у российских властей субсидию на издание книги на польском языке и на латыни, говоря, что перевод позволит познакомиться с книгой читателям в Польше, Франции, Италии и Испании. Исследователям неизвестно, удалось ли получить эту субсидию, но в посланных в Москву экземплярах польского издания было посвящение Алексею Михайловичу. Книга содержит отдельные трактаты о 50 ветхозаветных пророчествах об Иисусе Христе, о Святой Троице, о Воплощении Бога и о других христианских догматах, описаны 24 прообраза («знака») Мессии. Приведены сведения о Саббатае Цеви и о его сподвижнике Натане Леви, а также о более чем десяти предшествующих еврейских лжемессиях, последний из которых объявился в 1561 г., незадолго до описываемых событий, в Стамбуле. Иоанникий пишет, что Цеви был казнён в Стамбуле, но исследователям известно, что лжемессия избежал казни, приняв ислам. Иоанникий привёл апокрифическую повесть о том, как евреи отправили посольство в рай и убедились, что Мессия находится в раю, а также рассказ о «ложном благовестии». В книге раскрыт ряд важных богословских вопросов. В диспуте Христианина с Иудеем обоснована необходимость почитания св. мощей и других реликвий, икон (в связи с этим приведена краткая история иконоборчества), изложено учение о таинстве евхаристии, о Святом Духе, обсуждается вопрос о том, почему Сын Божий смерть принял от своего возлюбленного народа – еврейского. Опираясь на Священное Писание, на труды отцов церкви и церковных историков, Христианин доказывает, что истинный Мессия – Иисус Христос. Во втором разделе описаны двадцать «знаков» (предзнаменований, некоторые – апокрифического происхождения) прихода Мессии, которые становятся предметом спора между Христианином и Иудеем. Дискутируя по поводу 12-го «знака», Иоанникий приписывает иудеям издание еретических книг «Орфолион» и «Антиграф», в 1640 г. осуждённых на Киевском соборе по требованию архимандрита слуцкого Свято-Троицкого монастыря Самуила (Шацека). При обсуждении 18-го «знака» (пророчества Исаии о том, что с приходом Мессии люди перекуют мечи на орала и копья на серпы) Иудей обвинил христиан в неисполнении этого пророчества, что выражается в том числе в гонениях на евреев. В ответ Иоанникий перечислил преступления иудеев против христиан, в частности, опираясь на польские католические сочинения, описал 12 случаев «ритуальных убийств» в Европе – от Испании и Англии до Украины. По утверждению Татьяны Анатольевны Опариной, сочинение Иоанникия впервые ввело из польской литературы в православную полемическую книжность тематику приписываемых иудеям «ритуальных убийств», осквернения гостии, заговоров против христиан.