Иоанникий приходит к выводам: таинство евхаристии должно совершаться на квасном, а не на пресном хлебе; таинство евхаристии включает преложение хлеба и вина, а не только хлеба; папа Римский не имеет верховенства над всей христианской церковью; Святой Дух исходит от одного Бога Отца. Во второй части («Новая Римская Церковь придумала новую веру») изложены доводы католиков в пользу Filioque. Эта часть состоит из разделов: «Доводы из Священного Писания, которыми новая Римская Церковь древней Западной Церкви противостоит и стремится исхождение Святого Духа показать от Сына» (девять доводов), «Доводы учителей восточных и западных, которыми новая Римская Церковь древней Западной Церкви противостоит и стремится исхождение Святого Духа показать от Сына» (двенадцать доводов), «Доводы, выработанные Соборами...» (тринадцать доводов), «Доводы на основании разума» (семнадцать доводов), «Доводы из поддельного текста, написанного латинниками» (шестнадцать доводов). Во второй части Иоанникий ссылается на авторитет митрополита Петра (Могилы). Труд Иоанникия вызвал большой резонанс в католических кругах. В ответ на «Древнюю Церковь...» были изданы четыре католических сочинения: два трактата, приписываемые аббату Оливского монастыря цистерцианцев близ Гданьска полемисту Михаилу Антонию Хацкому, – «На “Древнюю Западную Церковь” Иоанникия Галятовского» (Оливский монастырь, 1678 г.) и «Квестийки, или Краткие вопросы, по поводу сочинения “Древняя Западная Церковь” поставленные и разрешённые» (Оливский монастырь, 1682 г.); атрибутируемые Николаю Сосновичу «Вопросы к разговору об исхождении Св. Духа» (Оливский монастырь, 1682 г.); сочинение Теофила Рутки «Goliat, swoim mieczem porażony...» (Люблин, 1689 г.). По мнению исследователей книга Т. Рутки, выдержанная в особенно резком тоне, направлена не только против Иоанникия, но и против его покровителя Лазаря (Барановича); Т. Рутка также высказал неправдоподобное утверждение, что митрополит Пётр (Могила) якобы был тайным сторонником католичества. В июле 1683 г. в Чернигове был опубликован антикатолический и антиуниатский трактат Иоанникия «Основания, на которых латинники устраивают единство Руси с Римом согласно нынешней римской новой вере, правдивыми доводами Церкви Восточной опрокинутые и упразднённые, как основание темницы было разрушено молитвой Павла и Силы». Трактат стал продолжением полемики с иезуитами и отчасти ответом на критику сочинения «Древняя Церковь...». Одной из задач трактата было опровержение обвинения в адрес православных в следовании идеям социнианства (Иоанникий жаловался, что униатский митрополит Киприан Жоховский называет его и архиепископа Лазаря (Барановича) арианами). Николай Фёдорович Сумцов считал «Основания...» наиболее выдающимся произведением Иоанникия. Как объяснил Иоанникий, трактат «Основания...» был, прежде всего, ответом на анонимную книгу «Святое согласие Церкви Восточной православной с Церковью апостольской римско-католической в Духе Святом относительно происхождения Святого Духа и от Сына, по исповеданию той же Церкви Восточной в славянских церковных книгах» (Львов, 1678 г.), в которой говорилось, что православные вместе с католиками считают, что Святой Дух исходит не только от Бога Отца, но и от Бога Сына, что Римский папа обладает верховной властью над Вселенской церковью (как установил М. Вишневский, автором книги «Согласие...», подписавшимся как «Друг Восточной Церкви», был иезуит Т. Рутка).