Следующие разделы посвящены «пеклу» и «мытарству». Как пишет Иоанникий, в ад попадают души «поганов (язычников), магометанов, балвохвалцов (идолопоклонников), жидов, геретиков и христиан благочестивых, которие померли в грехах смертелных без покаяния». Характеризуя «мытарство», которое фактически выступает в качестве аналога католического чистилища, Иоанникий говорит, что туда попадают души тех людей, «котории умирают, исповедавшися грехов своих смертелных, але не скончивши за них покуты (покаяния)… также котории умирают в грехах поточных (текущих)». В сочинении «Души людей умерлых...» заметно католическое влияние: наличие в аду «отхлани» (аналог лона Авраамова в понимании католиков), представление о «мытарстве», соответствующее католическому понятию чистилища. Однако это влияние исследователи не могут назвать определяющим, поскольку сочинение, по мысли автора, направлено против католических и протестантских измышлений, в частности, против учения о чистилище, вместо которого Иоанникий предлагает православный термин «мытарство». В работе над книгой Иоанникий использовал «Деяния церковные» Цезаря Барония, откуда заимствован один из рассказов. В последние годы жизни Иоанникий готовил перевод с польского языка на просту мову труда Петра Скарги «Жития святых». В начале XX в. в библиотеке Могилёвской духовной семинарии хранился рукописный сборник «Жития святых отец» (современное местонахождение исследователям неизвестно), включавший переводы Иоанникия: из книги П. Скарги (141 жизнеописание), перевод трёх Житий из Киево-Печерского патерика Сильвестра (Косова) и двух Житий из сборника «Zwierciadło przykładów różnych». В рукописи также были приведены несколько проповедей Иоанникия из книги «Ключ разумения...». Николай Иванович Петров атрибутировал Иоанникию переводы на основании надписи на книге, а также принимая во внимание особенности языка. С ним полемизировал Николай Калинникович Гудзий, утверждавший, что язык сочинений Иоанникия – «малорусский с особенностями книжной украинской речи», в то время как рукопись из библиотеки Могилёвской духовной семинарии написана, по мнению Н.К. Гудзия, на белорусском языке с сильным присутствием полонизмов. Точка зрения Н.И. Петрова исследователям представляется более убедительной, поскольку книжная проста мова рубежа XVII и XVIII вв. имела ряд фонетических и орфографических особенностей, свойственных как современному украинскому, так и современному белорусскому языкам, и была насыщена полонизмами. Известен парадный портрет Иоанникия в рост начала ХIX в. (Киево-Печерский музей-заповедник): слева вверху пейзаж, справа рядом с фигурой Иоанникия аналой с развёрнутым свитком, на котором лежит рука архимандрита. На основе этого изображения написан поясной портрет Иоанникия 1860 гг. (Киево-Печерский музей-заповедник), как полагают исследователи, происходящий из конгрегационного зала Киевской духовной академии. Иоанникий изображён в рясе, мантии архимандрита и чёрном клобуке, на зелёных скрижалях с золотым орнаментом помещены в овалах ростовые изображения Пресвятой Богородицы; на груди четырёхконечный крест, в правой руке – настоятельский жезл, в левой – книга. У Иоанникия тонкий нос с горбинкой, изогнутые тёмные брови с проседью, густые усы и небольшая седая борода.