Несколько сочинений против него написал перешедший из унии в католичество и ставший иезуитом русин из Киевского воеводства Т. Рутка: «Защита правоверности Восточной Церкви от еретиков, отрицающих исхождение Святого Духа от Сына» (Познань, 1678 г.); «Учитель богословия св. Фома Аквинский… отвергает в Церкви Восточной исхождение Святого Духа от Отца... клеветника Иоанникия Галятовского, архимандрита черниговского, исправитель и возобновитель» (Люблин, 1694 г.); «Хоруговь согласия и мира, то есть Святой Дух, от Сына исходящий, исповеданием Церкви Восточной, из книг славянских извлечённым, подтвержденный» (Люблин, 1691 г.); «Посол к Церкви Восточной св. Августин Аврелий, епископ Иппонский, учитель Церкви Христовой, с Духом Святым, от Сына исходящим, для принятия его в Церкви Восточной представленный священником Теофилом Руткой» (Калиш, 1692 г.; Люблин, 1692 г.), издание этого же сочинения на латыни: «Посол к Восточной Церкви… Аврелий Августин» (Люблин, 1694 г.). Ряд выпадов против Иоанникия содержится в трактате Т. Рутки «Гербы, или Знаки, истинной Церкви католикам для духовного утешения и благодарения Бога, а противникам для поучения и искания правды, типографски на обозрение представленные» (Люблин, 1696 г.). Против Иоанникия направлены приписываемый Т. Рутке трактат «Дом Христов, то есть святая Церковь, с большого первообраза на маленькое изображение перенесённая, верным для привлечения внимания и поучения вкратце описанная» (Люблин, 1689 г.), а также анонимная сатира в стихах «List do Galatowskiego». С елецким архимандритом полемизировал униатский протоархимандрит, глава базилианского ордена в 1675–1679 гг. Пахомий Охилевич из Вильно в сочинении «Гармония, или Краткое согласование различий» (Краков, 1685 г.). Резкой критике подверг творчество Иоанникия и Лазаря (Барановича) Киприан Жоховский в сочинении «Colloquium lubelskie...». Полемике с протестантами – социнианами, которых в конце XVI–XVII в. в Речи Посполитой называли арианами, посвящён выпущенный в 1686 г. черниговской типографией сборник Иоанникия «София, Премудрость Божия, построила себе дом, и утвердила семь столпов, и, обитая в этом доме, различные чудеса на свете творит против ариан, еретиков, и уже сотворила». Сборник «София...» – отголосок борьбы с социнианами, которая велась в Польше с начала XVII в. и закончилась их изгнанием из страны в 1660 г. Постановления сеймов 1661 и 1662 гг. окончательно уничтожили социнианство в Польше. Актуальность данной проблемы для Иоанникия объяснялась тем, что в XVI–XVII вв. представители некоторых западнорусских православных дворянских родов (Сенюты, Кисели) уклонялись в социнианство и в другие разновидности протестантизма. Иоанникий, отождествляя, как было принято в его время, современных ему социниан с древними последователями Ария, раскрывает еретичность арианства, много внимания уделяя разъяснению догмата о Святой Троице. Основное содержание сборника – описание 51 чуда, сотворённого Пресвятой Богородицей в Византии в IV–V вв. в отношении ариан и боровшихся с ними отцов церкви. Источниками повествований о чудесах Пресвятой Богородицы для Иоанникия послужили «Церковные анналы» Цезаря Барония, Жития святых. Сочинение по стилю изложения близко к «Небу новому...». Предисловие-посвящение сборника адресовано новоизбранному Киевскому митрополиту Гедеону (Святополк-Четвертинскому).