Кроме того, Иоанникий развивал в своём сочинении идеи, высказанные архиепископом Лазарем (Барановичем) в книге «Nowa miara starey wiary...», отстаивая учение православной церкви об исхождении Святого Духа, а также о том, что главой Вселенской церкви является Иисус Христос. В-третьих, Иоанникий дал ответы и опровержения («штурмы») на те основания («fundamenta») единства Руси с Римом под верховенством папы, которые изложены в трактате иезуита Миколая Циховского «Tribunal ss. patrum...». В первой части трактата Иоанникий изложил тридцать «свидетельств» единства Руси с Римом в прошлом (в частности, в периоды пяти Крещений Руси) и тридцать опровержений на них. Вторая часть посвящена описанию бедственного положения православных в Речи Посполитой и притеснений, которые они терпят от католического и униатского духовенства и «панов-католиков». Эта часть содержит четыре раздела («штурма»). В первом «штурме», озаглавленном «Против Церкви Восточной от учителей духовных Костёла Римского», Иоанникий критикует Фому Брюссельского, который возводил на православных ряд лживых обвинений, а также других католических богословов. Иоанникий рассказывает, как по требованию католиков польские власти отказали православному архимандриту Клименту (Тризне) в возможности быть поставленным после хиротонии на Мстиславскую кафедру, которую вскоре захватил униатский митрополит Киприан Жоховский. Во втором «штурме» («Против Церкви Восточной от униатов, которые состоят в унии с Костёлом Римским») Иоанникий обличает преступления униатского епископа Иосафата Кунцевича против православных, критикует современных ему деятелей унии: Пинского епископа Белозора, митрополита Киприана Жоховского, рассказывает о смерти от рук католиков Афанасия (Филипповича), приводя ряд фактов, не упоминаемых в дошедшем до нас Житии святого. Эти сведения Иоанникий мог узнать от братии Купятицкого монастыря, где Афанасий жил в 1636–1640 гг. Третий «штурм» имеет заглавие «Против Церкви Восточной от хамелеонов, которые различную окраску принимают: от Восточной Церкви к униатам, потом, от униатов отступая и униатов хая, к Костёлу Римскому». В этом разделе Иоанникий подвергает резкой критике сочинения одного из таких «хамелеонов» – Кассиана Саковича. Четвёртый «штурм» («Против Церкви Восточной притеснения от господ светских исповедания римского») посвящён описанию гонений, воздвигнутых католической шляхтой на православных. Иоанникий приводит следующие примеры: польские шляхтичи отняли все имения у Святогорского Зимненского в честь Успения Пресвятой Богородицы женского монастыря (в современном селе Зимно Волынской области), отдали католикам православный Бучачский монастырь (в современном городе Бучач Тернопольской области), обратили в продовольственный склад православную церковь в Староконстантинове (ныне Хмельницкая область), в Минске отдали церковь татарам, которые перестроили её в мечеть, в Вильно (Вильнюс) церковь мученицы Параскевы обратили в корчму, в Бресте запретили священникам ходить к больным со Святыми Дарами. Завершает книгу послесловие-обращение к критику «Зоилу». Антилатинские труды Иоанникия стали объектом критики католических полемистов.