Первым антикатолическим и антиуниатским сочинением Иоанникия стал изданный в 1676 г. в Новгороде-Северском трактат «Беседа белоцерковская преподобного отца Иоанникия Галятовского, ректора киевского, с преподобным отцом Адрианом Пекарским Общества Иисуса, проповедником его королевской милости, Об иерархии церковной, у высочайшего канцлера коронного в покоях бывшая и некоторыми из рыцарства кафолической веры с вниманием там прослушанная и записанная». В 1720 г. Самуил Величко поместил полный текст «Беседы...» в оригинальной версии и с русским переводом в свою Летопись. В 1857 г. Виктор Ипатьевич Аскоченский издал польский текст и свой перевод на русский язык. В 1867 г. архимандрит Амвросий (Лотоцкий) опубликовал перевод более полного варианта «Беседы белоцерковской...», найденного им в Милецком Свято-Николаевском монастыре на Волыни. Сохранились многочисленные списки переводов трактата. В сочинении передан диспут о церковной иерархии, состоявшийся между Иоанникием и придворным проповедником польского короля Яна Казимира иезуитом Адрианом Пекарским 8 ноября 1663 г. в Белой Церкви на приёме у Николая Пражмовского, католического епископа Луцкого и великого коронного канцлера. Н. Пражмовский также участвовал в споре: он задал Иоанникию вопрос, ставший основным предметом обсуждения, – об иерархическом порядке в православной церкви. Вопрос был вызван тем обстоятельством, что после смерти в 1663 г. Киевского и Галицкого митрополита Дионисия (Балабана-Тукальского) православная иерархия Киевской митрополии осталась без предстоятеля. «Канцлер начал говорить: “Сейчас не имеете митрополита, кто же будет посвящать Львовского епископа?”». На это Иоанникий ответил, что епископ рукополагается двумя или тремя епископами. Говоря об иерархическом устройстве православной церкви, Иоанникий подчеркнул, что патриархи равны папе, чем вызвал резкий протест со стороны А. Пекарского. Иоанникий отверг утверждения католиков о том, что апостолу Петру было дано преимущество над другими апостолами, что «апостольский престол» св. Петра в Риме имеет высшую власть в христианской церкви, и что папа является Вселенским архиереем. На заявление А. Пекарского о том, что папа – это наследник апостола Петра, Иоанникий возразил: 12 апостолов были посланы во весь мир и не имели постоянных кафедр, апостол Пётр оставил преемника не только в Риме, но и в Антиохии, точно так же как Иоанн Богослов основал ряд церквей в Азии. Ссылаясь на православных и католических богословов (Феофилакта Болгарского, Платину (Бартоломео де Сакки), Роберта Беллармина), Иоанникий подчеркнул, что папа не является главой Вселенской церкви, и католики несправедливо считают свою церковь Вселенской. На слова А. Пекарского, что, не признавая власть папы, православные остаются без первоиерарха, Иоанникий ответил: православная церковь считает своим главой Христа, наместников Христовых представляет в лице патриархов, митрополитов и епископов. Каждый патриарх в своей епархии может проводить Соборы, сноситься с другими патриархами и таким образом созвать Вселенский собор. Решение всей церкви, а не приговор одного папы или патриарха является церковным каноном. А. Пекарский считал изъяном православия то, что во главе его стоят четыре высших предстоятеля, а низших столько, сколько есть митрополитов и епископов. Также православных патриархов (в частности, Константинопольского, которому до 1686 г. подчинялась Киевская митрополия) упрекали за то, что они живут среди турок-мусульман. Иоанникий ответил, что церковь, преследуемая иноверцами, остаётся истинной.