Кроме разорения Елецкого монастыря монголами упоминаются также разрушения, нанесённые войсками князя Константина Константиновича Острожского в 1579 г. и войсками польского воеводы Горностая в 1610–1611 гг. Последние два «чуда» датируются 1676 г., т.е. временем издания книги, в них речь идёт об исцелении католика, польского солдата Юрия Облочинского, и «русина» Андрея Прокоповича. Завершает книгу «Придаток до “Чудов Пресвятои Богородици Елецкои”, для пожытку благочестивым людем приданый». В этом разделе рассказано о явлении в окрестностях Брянска Свенской иконы Божьей Матери и о явлении в византийском городе Смирна образа Пресвятой Девы, в честь которого Смирнский епископ Кир построил церковь. В «Придатке...» раскрыто символическое значение названия книги: «Богородица Елецкая ест скарбница, которая людем розмаитым даёт скарбы розмаитыи: малому войску христианскому дает звытязтво (победу) над великими войсками поганскыми, зближаючимся до смерти даёт живот, хворым – здоровье». В маргиналиях помещены ссылки на использованные источники: Мартин Бельский, Матвей Стрыйковский, Александр Гваньини, «Кирил Давыдович з Седнева присылал мне кроничку, о козаках написаную». В августе 1676 г. в типографии в Новгороде-Северском было напечатано небольшое по объёму произведение Иоанникия «Сокровище похвалы, из каждой науки взятое в сокровищницу Пресвятой Богородицы Елецкой». Это сочинение представляет собой сборник рекомендаций Иоанникия представителям различных наук и искусств о составлении похвалы Богоматери (в первую очередь, через рассказ о совершаемых по молитве к Пресвятой Деве чудесах). Предисловие написано прозой, далее приведены стихотворные советы автора представителям различных наук и искусств, как им следует слагать похвалы Богородице. Особенно интересны исследователям советы поэту. Иоанникий приводит семь примеров похвальных стихотворений в честь «Богородицы Елецкой», являющихся образцами характерного для эпохи барокко курьёзного стихосложения и свидетельствующих о том, что школьную науку слагать «вирши» Иоанникий знал безупречно. Автор написал две энигмы, анаграмму, полиндромон, логогрифус, хроностикон и акростих. По мнению И. Чепиги, стихотворные опыты Иоанникия оказали влияние на творчество более поздних украинских поэтов Иоанна Величковского и Симеона Полоцкого. Антикатолические произведения составляют отдельную группу сочинений Иоанникия. Они были созданы в ответ на усиление прозелитизма со стороны римо-католиков и униатов на западнорусских землях и на широкое распространение антиправославных полемических сочинений. Как считает И. Чепига, Иоанникий и Лазарь (Баранович) положили начало второму этапу антикатолической полемики западнорусских книжников, первый этап которой завершили «Палинодия» Захарии (Копыстенского) и «Литос», автором которого, как полагают исследователи, был Пётр (Могила). На более позднем этапе полемика была сосредоточена не на межконфессиональных и политических конфликтах, но на богословских вопросах, характеризовалась смягчением тона дискуссии.