В завершение разговора Н. Пражмовский выразил надежду, что когда-нибудь наступит «единение между нами, должны вы вместе с нами иметь единого наивысшего пастыря – папу, поскольку написано: будет едино стадо, и единый пастырь». На это Иоанникий сослался на Евангелие от Иоанна (Ин. 10:16), где говорится, что верховным пастырем церкви является Христос, а в приведённой А. Пекарским фразе о едином стаде и едином пастыре подразумевается обращение в христианство евреев и язычников. А. Пекарский напомнил, что на Ферраро-Флорентийском соборе Киевский митрополит Исидор принял унию с Римом. На это Иоанникий ответил, что Исидор принял унию единолично, а Русская церковь, «когда он возвратился в Россию, не приняла ни его самого, ни унии, и таким образом Церковь Русская осталась при той же вере, будучи под властью Константинопольского Патриарха». По словам Иоанникия, Флорентийский собор был сорван, и единство не было достигнуто. Ряд острых моментов, отсутствующих в издании 1676 г., есть в тексте 1867–1868 гг., основанном на рукописном варианте диспута, который был найден архимандритом Амвросием (Лотоцким) в архиве Милецкого Свято-Николаевского монастыря. В частности, Иоанникий называет подложными Лжеисидоровы декреталии конца X в., в соответствии с которыми папам помимо абсолютной власти над католической церковью даётся также власть над светскими государями. По словам Иоанникия, Д. Блондель в книге «Псевдо-Исидор» разоблачил подложность этих документов, но папы продолжают к ним обращаться. Касаясь вопроса о том, на каком основании папа Виктор отлучил епископов Малой Азии, если он не глава церкви, Иоанникий отметил, что в данном случае имело место злоупотребление властью. Иоанникий также сказал: папа может согрешить и быть предан церковному суду. Это заявление вызвало со стороны А. Пекарского обвинение Иоанникия в богохульстве, причём А. Пекарский привёл слова Христа, адресованные апостолу Петру: «Молихся о тебе, да не оскудеет вера твоя» (Лк. 22:32), якобы благодаря чему истинная вера не может оскудеть в преемниках апостола Петра. В ответ на это Иоанникий указал на наличие среди пап еретиков (Либерий, Гонорий). В частности, папа Николай I был предан церковному суду Константинопольским патриархом Фотием из-за Filioque, поскольку осуждались и предавались суду во все времена прибавления к Символу веры. В Ферраре, а потом и во Флоренции греческие отцы доказали, что Filioque есть прибавление к Символу, а не его изъяснение. А. Пекарский сказал, что папа выше Собора, Иоанникий не согласился с ним. Говоря о церковной истории, Иоанникий отметил, что первоначально Восток и Запад были соединены христианской любовью, но она постепенно охлаждалась. «Потом последовало разделение Римской империи, появились распри между государями и их подданными; западная монархия пала и досталась иному народу; обстоятельства изменились..., и придумали господство св. Петра». В ответ на мнения Иоанникия, изложенные в «Беседе белоцерковской...», некий католический полемист написал сочинение «Опровержение» (не сохранилось). О его существовании исследователям известно из трактата «Рыцарь православно-кафолической Церкви Восточной рыцарю Римской Церкви на его “Опровержение”, написанное против “Беседы белоцерковской”» (Nowogrodek-Siewierski, 1677 г.), автор которого подписался псевдонимом «Возлюбенный воин».