В 2 Ин. 5–6 содержится прошение о соблюдении заповеди о любви, открывающее основную часть послания. В 2 Ин. 7 раскрывается основная цель Послания – предупреждение о лжеучителях. Из этого логически вытекает предупреждение в 2 Ин. 8–9, которое завершается паренесисом в 2 Ин. 10–11 не принимать тех, кто исповедуют иное учение. В эпилоге автор выражает надежду и желание увидеться лично с адресатами послания (2 Ин. 12). Послание завершается традиционным прощанием с указанием на третьих лиц (в данном случае на членов другой христианской общины («сёстры»), которые представляют членов «духовной» семьи автора, либо на реальных детей некой женщины Эклекты), которые присоединяются к приветствиям отправителя послания (2 Ин. 13). В Третьем Послании апостола Иоанна формальное приветствие отсутствует, что в Античности встречалось только в сугубо деловых письмах. Автор сразу переходит к проимию Послания (3 Ин. 2). При этом в 3 Ин. 1, как и в начале Второго Послания, присутствует тема любви и истины. В 3 Ин. 2 содержится традиционное пожелание здоровья, но не только телесного, но и духовного («преуспевал во всём, как преуспевает душа твоя»). Поскольку пожелание здоровья является формальным элементом, исследователи считают ошибочным его интерпретировать как указание на реально плохое (в настоящем или в недавнем прошлом) здоровье Гаия. Далее идёт такое же формальное выражение радости (3 Ин. 3–4). В 3 Ин. 5 используется более вежливая форма эпистолярного прошения – «ты как верный поступаешь» (подразумевается «делай и дальше так», т.е. продолжай оказывать гостеприимство). В 3 Ин. 9–10 указываются причины написания этого Послания – дело Диотрефа. Призыв в 3 Ин. 11 не подражать дурному поведению Диотрефа подкрепляется пословицей «Кто делает добро, тот от Бога». Завершается основная часть Послания положительными рекомендациями Гаию Димитрия, которого автор Послания просит принять, видимо, несмотря на противодействие Диотрефа (3 Ин. 12). Эпилогом, как и во Втором Послании апостола Иоанна, является выражение надежды и желания увидеться с адресатом лично (3 Ин. 13–14). Завершается Послание пожеланием мира, приветствиями со стороны «друзей» автора послания (это единственное место в Новом Завете, где члены христианской общины называются «друзьями»; возможно, на основании Ин. 15:15) и просьбой поименно приветствовать «друзей» адресата послания.