В научной литературе наиболее полную аргументацию в отношении того, что в Первом Послании Иоанн Богослов выступал против последователей Керинфа, привёл Р. Бультман. Однако не в пользу этой теории говорит то, что учение Керинфа в целом известно плохо, а текст Первого Послания апостола Иоанна не отражает всех тех специфических идей, которые обычно связывают с именем Керинфа раннехристианские писатели. Поэтому многие учёные предпочитают говорить вообще о докетах или гностиках, против которых выступал Иоанн Богослов. По мнению других, если Иоанн Богослов боролся против докетов, то его аргументация выглядит слишком расплывчатой по сравнению с аргументацией Игнатия Богоносца. Если же считать, что Иоанн Богослов боролся против гностиков, то в Первом Послании он явно выступал не против уже сложившегося учения, а лишь против нарождающейся гностической тенденции. Были попытки отыскать у оппонентов автора Посланий черты иудеохристианского богословия, но все последующие комментаторы признают аргументы неубедительными. Первое Послание апостола Иоанна могло быть направлено против «пневматиков». Поскольку в этом Послании не говорится о Святом Духе как об Утешителе, некоторые учёные предположили, что оппоненты автора Послания настаивали на том, что имеют особое откровение или особый дар Святого Духа (1 Ин. 2:20, 27), а значит рассматривали себя как христиан, достигших особого знания и высокого нравственного совершенства (1 Ин. 1:8–10) по сравнению с другими членами общины, из-за чего они стали презирать своих братьев, нарушая таким образом заповедь о христианской любви. Поэтому значительное место в Первом Послании апостола Иоанна занимает не только тема любви, но и вопрос об истинном знании Бога (1 Ин. 2:3, 5; 3:16, 19, 24; 4:2, 6, 13; 5:2). Ряд учёных полагали, что Первое Послание апостола Иоанна связано с защитой Евангелия от Иоанна перед другими христианскими общинами или с внутренними конфликтами в общине, в которой появилось Евангелие от Иоанна, из-за неправильной интерпретации этого Евангелия. Но эти теории построены на целом ряде допущений и реконструкций, которые исследователям трудно проверить. Второе и Третье Послания апостола Иоанна связаны как с проблемой появления ересей, так и с вопросом о христианском гостеприимстве ввиду серьёзных изменений в структуре церковного управления, которые произошли после разрушения Иерусалима римлянами и фактического исчезновения главной христианской общины. Если прежде Иерусалимская церковь отправляла апостолов для основания новых общин и их последующего окормления, то теперь все управленческие функции полностью перешли к епископам. Похожая ситуация отражена в «Дидахе». Главным вопросом в связи с Третьим Посланием апостола Иоанна является положение Диотрефа – был ли он поставленным епископом или простым членом общины, самочинно присвоившим себе власть; был ли он еретиком или, наоборот, «ортодоксом», подозрительно относившимся ко всем приходящим в общину со стороны, в том числе к апостолам и их доверенным лицам.