По предположению Э. Жюно и Ж.-Д. Кестли, «Мученичество» и «Чудеса» были составлены независимо друг от друга, однако основаны на одном несохранившемся тексте, который исследователи определяют как перевод греческой эпитомы «Деяний», выполненный не позднее середины V в. Автор «Чудес Иоанна», предположительно живший в конце VI в. в Галлии, подверг источник более тщательной обработке, чем Мелитон, чтобы, как полагают исследователи, удовлетворить требованиям церковных властей. Повествование начинается исходом апостолов из Иерусалима для проповеди христианства. При императоре Домициане Иоанн Богослов, проповедовавший в Эфесе, был схвачен и отправлен на остров Патмос, где написал «Откровение»; после гибели Домициана апостол возвратился в Эфес. Дальнейшее повествование в целом соответствует тексту «Деяний Иоанна», однако автор нередко меняет расположение эпизодов и делает вставки, например, про странствия Иоанна Богослова по Асии и основание им церквей. В «Чудесах Иоанна» содержатся рассказы о Друзиане и влюблённом в неё Каллимахе, о философе Кратоне, жреце Аристодеме и об испытании Иоанна Богослова ядом. Значительно расширено повествование о чудесной кончине апостола («Метастазис»): согласно «Чудесам Иоанна», апостол не исчез таинственным образом, а лёг в могилу и мирно скончался. Об использовании позднейшими авторами апокрифических сказаний свидетельствует сочинение Гиспальского (Севильского) епископа Исидора (около 560 – 636 гг.) «О происхождении и кончине отцов», в котором Иоанн Богослов представлен как девственник и любимый ученик Христа. Иоанн Богослов проповедовал в Асии, при Домициане был сослан на Патмос, там он написал «Откровение», а после возвращения в Эфес – Евангелие. Исидор Севильский кратко упоминает о нескольких чудесах апостола, сведения о которых он почерпнул из латинских апокрифов, а также сообщает о чудесной кончине апостола. Более подробный пересказ сведений из апокрифов приведён в переработке сочинения «О происхождении и кончине отцов», выполненной в VIII в. в Ирландии, где Иоанн Богослов назван «архиепископом Асии». В этом тексте Иоанн Богослов также отождествляется с женихом на браке в Кане Галилейской. Широкое почитание Иоанна Богослова повлияло на распространение апокрифических легенд об апостоле, которые были известны почти всем средневековым западным богословам и экзегетам. Авторы пользовались агиографической традицией для комментариев к Новому Завету, не добавляя новых сведений и, как правило, подчёркивая особое положение Иоанна Богослова среди евангелистов. Вниманием авторов (Пётр Дамиани, Гонорий Августодунский, Руперт Дойцский, Бонавентура, Альберт Великий и др.) пользовались такие темы, как девство Иоанна Богослова и его отождествление с женихом на браке в Кане; особая мистическая связь апостола с Христом, выраженная во время Тайной вечери; вопросы, связанные с авторством Евангелия, Посланий и «Откровения»; успение и вознесение апостола и др.