Августин Блаженный также критически рассматривал предание о том, что Иоанн Богослов был погребён живым и доныне спит под землёй, и распространявшиеся рассказы о том, что земля на могиле поднимается и опускается от дыхания спящего апостола. Цитаты у Августина Блаженного свидетельствуют о его знакомстве с одной из версий апокрифических «Деяний Иоанна», латинский перевод которых появился не позднее конца IV в. На Западе об этом произведении впервые упоминает святой Филастрий, епископ города Бриксия (ныне Брешиа, Италия), среди других апокрифов, принимавшихся манихеями и другими еретиками. Августин Блаженный в сочинении «Против Фавста» подтверждает использование манихеями апокрифов, в том числе «Деяний Иоанна». Святой Турибий (ум. в 460 г.), епископ города Астурика (ныне Асторга, Испания), в письме епископам Идацию и Цепонию упоминал о «Деяниях Иоанна» среди других апокрифов, распространённых у манихеев и присциллиан в Испании, и приписывал их авторство некоему Левкию. По мнению исследователей, на латынь были переведены не все «Деяния Иоанна», но лишь отдельные части произведения. Популярность апокрифов у еретиков обусловила негативное отношение к ним со стороны западных церковных иерархов. Римский папа Иннокентий I (401–417 гг.) в послании к Толозскому (Тулузскому) епископу Эксуперию от 20 февраля 405 г. называл среди не признанных церковью книг «Деяния Петра и Иоанна», написанные Левкием. В так называемом декрете папы Геласия (начало VI в.) «Деяния Иоанна» не названы, однако, как полагают исследователи, входили в категорию, обозначенную как «все книги, которые написал Левкий, ученик диавола». В житийной литературе (например, в «Martyrium prius» апостола Андрея) Иоанну Богослову и Иакову по жребию отводится для проповеди весь Восток. В связи с епископством апостола Тимофея в Эфесе сообщается, что он после гибели апостола Павла был учеником Иоанна Богослова. В синаксарном Житии мученицы Ермионии, дочери апостола Филиппа, говорится, что она отправилась с сестрой в Эфес поклониться Иоанну Богослову, но нашла его уже преставившимся. Учеником Иоанна Богослова называется также священномученик Евтихий. В рукописи под 22 июля сообщается, что после Вознесения равноапостольная Мария Магдалина переселилась в Эфес к Иоанну Богослову, где после смерти её погребли перед входом в пещеру Семи отроков. С западной стороны храма апостола Иоанна в Эфесе на горе Ливат образуется комплекс почитаемых гробниц других святых и лиц, связанных с апостолом: апостола Тимофея, Марии Магдалины и Семи отроков на горе Хилетон, мученицы Ермионии на одной из соседних гор, святых диакона Филиппа, мученика Адавкта, его дочери Каллисфены, мучеников-епископов Аристона, Аристовула и пустынника Павла поблизости. Согласно древнейшей редакции «Чуда архангела Михаила в Хонех», Иоанн Богослов предсказал возникновение храма архангела Михаила в Херотопе, близ города Колоссы (позднее Хоны); после ухода апостолов Варфоломея, Филиппа и Иоанна Богослова (такая последовательность возникла под влиянием «Деяний Филиппа») в этом месте забил источник целебной воды. В той же рукописи (SynCP) под 3 декабря говорится о пророке Софонии: «Был же он похож на Иоанна Богослова, с небольшой округлой бородой». Относительно пророка Амоса отмечается, что у него была «заострённая борода, подобно евангелисту Иоанну» (исследователи полагают, что здесь произошла путаница с Иоанном Златоустом).