1. «Liber de concordia (вариант: «Liber concordiae») Novi ac Veteris Testamenti» («Книга согласования Нового и Ветхого Заветов»; для первой – четвёртой книг существует современное научное издание: «Liber de concordia Novi ac Veteris Testamenti». 1983 г.; пятая книга доступна лишь в издании XVI в.: «Liber concordiae Novi ac Veteris Testamenti». 1519 г.). Работу над трактатом Иоахим Флорский начал во время пребывания в Касамари между 1182 и 1184 гг. На основании того, что в «Завещании» Иоахим Флорский говорит о «Книге согласования» как о законченном трактате, который ему удалось представить папе, исследователи предполагают, что трактат был завершён им либо к 1196 г. (визит к папе Целестину III), либо к 1198 г. (возможный визит к папе Иннокентию III). C точки зрения содержания трактат разделяется на две практически равные по объёму части: первая – четвёртая книги и пятая книга. В четырёх начальных книгах задачей Иоахима Флорского является установить особого рода «соответствие», или «согласование», между Ветхим и Новым Заветами. Он излагает здесь учение о смыслах Священного Писания, объясняет понятия «аллегории» и «согласования», предлагает учение о трёх эпохах мировой истории, или трёх «состояниях мира», а также о трёх «сословиях избранных». Таким образом, первая – четвёртая книги являются «пролегоменами» к пятой книге, которая посвящена исключительно «духовному толкованию» Ветхого Завета. В первом разделе предлагается толкование повествования о творении из библейской книги «Бытие»; во втором разделе толкуются различные повествования из исторических книг Ветхого Завета, начиная с повествования о Всемирном потопе и заканчивая возвращением иудеев из Вавилонского плена; в третьем разделе Иоахим Флорский ещё раз обсуждает символическое значение 70 лет Вавилонского плена; в четвёртом разделе обсуждаются четые «особые» книги Ветхого Завета: «Книга Иова», «Книга Товита», «Книга Юдифи», «Книга Есфири», которые Иоахим Флорский считал соответствующими четырём Евангелиям Нового Завета; в пятом и шестом разделах рассматриваются большие и малые пророческие книги Ветхого Завета, наиболее детально – «Книга пророка Даниила». 2. «Expositio in Apocalypsim» («Толкование на “Апокалипсис”»; венецианское издание XVI в. было репринтно перепечатано в 1964 г.; критическое издание трактата отсутствует) – наиболее крупное по объёму и сложное по содержанию сочинение Иоахима Флорского. Трактат открывается пространным введением – «Liber introductorius in Apocalypsim» («Вводная книга к “Апокалипсису”»), в котором Иоахим Флорский излагает учение о трёх эпохах мировой истории, толкует образ «семи печатей» и с его помощью объясняет «согласование» Ветхого и Нового Заветов, а также объясняет ряд образов «Апокалипсиса». Основной текст «Толкования» разделён на восемь частей. Первая часть посвящена истолкованию образа семи церквей (Откр. 1–3), во второй части Иоахим Флорский обращается к рассмотрению семи печатей (Откр. 5–8), третья часть содержит объяснение семи труб (Откр. 8–11), четвёртая, пятая и шестая части посвящены рассмотрению образов жены, зверя и дракона. Иоахим Флорский также предлагает толкование семи чаш гнева Божия (Откр. 12–18). В заключительных седьмой и восьмой частях рассматриваются образы последних глав «Апокалипсиса»: победа над зверем, тысячелетнее царство праведных, последняя битва, великий суд и новый Иерусалим (Откр. 19–22).