Корпус сочинений, созданных Иоахимом Флорским, весьма обширен и включает достаточно разнородные произведения. Тем не менее, благодаря осуществлявшимся в XX в. многими учёными исследованиям отдельных работ Иоахима Флорского, стало возможным выделить некоторые характерные особенности его литературного наследия. Исследователи отмечают, что Иоахим Флорский не был богословом-систематиком, его сочинения характеризуются резкими переходами от одной темы к другой, смешением богословских рассуждений, библейской экзегезы и историософских размышлений; «его стиль часто тёмен; он пользуется не столько логическим, сколько риторическим методом рассуждения». В целом «он был лирическим, а не систематическим мыслителем». Исследователи находили противоречия между различными трактатами, а иногда в рамках одного и того же трактата. Подобную непоследовательность исследователи объясняют тем, что задачей Иоахима Флорского было не построить строгое учение о Боге и истории мира, но предложить актуальное толкование различных пророчеств Священного Писания, непосредственно связанное с современными ему духовными и политическими проблемами. Исследователи отмечают, что поскольку идеи Иоахима Флорского предстают как динамически развивающееся целое, для их корректной интерпретации требуется рассмотрение его сочинений не по отдельности, но в их взаимосвязи; при этом первостепенное значение приобретает порядок их возникновения. Для ряда сочинений Иоахима Флорского время написания может быть установлено достаточно точно, прежде всего, благодаря его собственным указаниям о побудительных мотивах к написанию того или иного произведения. Попытка собрать все возможные прямые и косвенные сведения о хронологии сочинений Иоахима Флорского была предпринята современным исследователем его наследия К.-В. Зельге. В результате осуществлённой им работы удалось достаточно точно установить время написания большинства сочинений Иоахима Флорского, однако для нескольких трактатов вопрос о времени их создания остаётся открытым. Важным вкладом в исследование истории сочинений Иоахима Флорского стал монография Дж. Л. Потеста, в которой сочинения Иоахима Флорского анализируются в связи с событиями его жизни и историческими реалиями, что позволяет исследователям увидеть широкий контекст их возникновения. С начала XX в. выпускались критические издания многих сочинений Иоахима Флорского, однако «Толкование на Апокалипсис» и ряд других важных трактатов Иоахима Флорского до настоящего времени доступны лишь в рукописях и изданиях XVI в., что во многом затрудняет их изучение. На русский язык ни одно произведение Иоахима Флорского полностью не переводилось, существует лишь перевод нескольких фрагментов из второй и четвёртой книг «Книги согласования Ветхого и Нового Заветов». Среди подлинных сочинений Иоахима Флорского исследователи традиционно особо выделяют три главных трактата, над которыми он работал начиная с 1184 г. и до последних лет жизни. По свидетельству Иоахима Флорского, эти трактаты символически связывались им с Лицами Святой Троицы: первый трактат, связанный преимущественно с тематикой Ветхого Завета, был посвящён Отцу; второй трактат, в котором толкуется «Откровение» Иоанна Богослова – Сыну; третий трактат, где излагается учение о Святой Троице и предлагается толкование таинственного смысла Псалтири – Святому Духу. Таким образом, три сочинения взаимосвязаны и подчинены единому плану, который, впрочем, затемняется из-за многочисленных повторов и отступлений, присутствующих в трактатах.