Хотя попытки систематического представления учения Иоахима Флорского предпринимались, их результаты оспаривались последующими исследователями как неадекватные и искажающие оригинальность идей Иоахима Флорского: «Упорядоченное представление взглядов Иоахима является насилием по отношению к его живой и беспокойной мысли». Традиционное наименование Иоахима Флорского «мистиком» может быть верно лишь в очень условном смысле: хотя он и говорит о собственном мистическом опыте, в сочинениях его задачей, по мнению исследователей, не является передача этого опыта, он также практически ничего не пишет о традиционной для мистического богословия этой эпохи теме соединения человека и Бога. Иоахим Флорский может быть назван лишь «социальным» или «историческим» мистиком, поскольку его интересует, прежде всего, судьба общества в целом, история как сверхличностный процесс. Применительно к Иоахиму Флорскому предпочтительнее говорить не о системе богословских взглядов, но об общих богословских «лейтмотивах», постоянно возникающих в различных его трактатах и образующих основу для его частных экзегетических и историософских построений. Эти «лейтмотивы» богословия Иоахима Флорского исмследователи готовы условно разделены на три группы: учение о Боге Троице; учение об истории, её смысле и цели; учение о духовной жизни человека, прежде всего – об аскетическом монашеском идеале. При этом последняя группа имеет для него гораздо меньшую важность, чем две первые – личный духовный опыт он считал не предметом теоретического познания, но практикой жизни, о которой бессмысленно рассуждать в абстрактных категориях и которой можно научиться лишь на собственном опыте. Следуя христианскому вероучению, Иоахим Флорский исповедовал Единого Бога в Трёх Божественных Лицах: «Я исповедую, что Святая Троица, то есть Отец, Сын и Святой Дух, есть единый истинный Бог». Представление о единстве и троичности Бога есть первое основание христианской веры: «Прежде всего, уразумей, что Бог есть три Лица, полные, целостные и совершенные, так что нужно веровать, что каждое [Лицо] есть полный и совершенный Бог, и все [три Лица] вместе суть один Бог, целиком простой, целиком вечный, целиком живой, целиком невидимый и бесстрастный». Учение о Троице, согласно Иоахиму Флорскому, есть «священная тайна», постижение которой даёт христианину «всякое познание истины». Исследователи полагают, что Иоахим Флорский невысоко оценивал роль рационального рассуждения в деле богопознания, считая, что наилучшее представление о «таинствах» Божественной жизни может быть приобретено не в логических понятиях, но в особого рода «образах», ёмко выражающих истины христианской веры. В области триадологии он наиболее широко использовал, по меньшей мере, три таких образа: образ «десятиструнной псалтири», образ «альфы и омеги», образ трёх пересекающихся кругов (последний образ Иоахим Флорский использовал при триадологическом толковании мировой истории). Псалтирь Иоахим Флорский изображал как равносторонний треугольник с усечённой вершиной, в центр которого вписан круг.