По мнению исследователей, до середины XVI в. почитание Исайи носило местный характер (имя святителя почти не включалось в месяцесловы в первой половине XVI в.). Со второй половины XVI в. есть свидетельства общерусского почитания Ростовского святителя. Исаия упоминается среди русских чудотворцев в летописном сообщении о взятии Полоцка русскими войсками в 1563 г. («Полное собрание русских летописей», том 13). В соборной грамоте 1564 г. о ношении русскими иерархами белого клобука утверждается, что Исаия наряду с Ростовскими святителями Леонтием и Игнатием, чудотворцами, имел привилегию ношения белого клобука («Библиотека литературы Древней Руси», том 12). В Уставе церковных обрядов, совершавшихся в московском Успенском соборе (около 1630 г.), говорится: «(...мая) в 16 день Исаие Ростовскому благовест в лебедь, трезвон средней» («Русская историческая библиотека», том 3). В середине XVII в. почитание Исаии существовало в Киево-Печерском монастыре. В девятой песни канона Киево-Печерским святым Мелетия Сирига (около 1643 г.) среди «Божественных иерархов» (выходцев из Киево-Печерской обители) назван Исаия, по мнению исследователей, Ростовский епископ. Автор канона считал, что мощи Исаии почивают в Ближних пещерах Киево-Печерского монастыря (факт погребения Исаии в Ростове, по мнению исследователей, был неизвестен в Киеве в первой половине XVII в.). Исследователи полагают, что с останками Исаии отождествляли мощи преподобного Исаии трудолюбивого, в Ближних пещерах почивающего. Несмотря на то что предание относит кончину преподобного Исаии трудолюбивого к 1115 г., он впервые назван в сочинении XVII в. «Тератургима» монаха Афанасия Кальнофойского (Киев, 1638 г.). По мнению исследователей, позднее почитание погребённого в Ближних пещерах преподобного Исаии возникло в связи с закреплённой в «Киево-Печерском патерике» памятью о подвизавшемся в обители одноименном будущем Ростовском епископе. Как общецерковно чтимый святой Исаия назван в составленном архиепископом Сергием (Спасским) «Верном месяцеслове всех русских святых, чтимых молебнами и торжественными литургиями общецерковно и местно» (М., 1903 г.). Имя Исаии вошло в Собор Ростово-Ярославских святых, празднование которому было установлено в 1964 г. В иконописных подлинниках XVII–XIX вв. под 15 мая указаны особенности изображения Исаии: длинная широкая седая борода, как у Власия Севастийского, на голове белый клобук, в руке Евангелие. Так, по рукописи новгородского Софийского собора второй четверти XVII в. святитель «сед [зачёркнуто: «рус»], брада со Власьеву, а с ушей шире, клобук бел, риза празелен бела, испод багор бел вельми» (Российская национальная библиотека). В подлиннике XVIII в., принадлежавшем Георгию Дмитриевичу Филимонову, об Исайи сказано, что он «подобием рус, брада аки Власиева, от ушей пошире; ризы святительския, саккос празеленной и омофор, на главе клобук белой, в руках Евангелие»; в рукописи XVIII в. Сергея Тихоновича Большакова отмечено: «…Рус, брада Власиева, и от ушей пошла пошире, на главе клобук бел, риза празелень бела, испод багор набело велми, амфор и Евангелие»; в рукописи 1920 гг. добавлено: «…Или в левой руке мешец с златом, а правой его раздает нищим» (Российская национальная библиотека).