В Проложной редакции Жития святителя конца XVI – начала XVII вв. сказано, что он скончался «на второе лето по освящении церкве печерския», т.е. в 1090 г., такое же указание содержится и в редакции Жития Исайи, составленной в 1647–1656 гг. для «Киево-Печерского патерика» в редакции архимандрита Иосифа Тризны (Российская государственная библиотека). Эта дата, заимствованная церковными историками XIX в. из позднейших источников, представляется исследователям сомнительной. Следующий Ростовский епископ, о котором сообщают источники (Нестор) был поставлен около середины XII в. («Полное собрание русских летописей», том 1). Согласно Житию Леонтия Ростовского (старшая редакция создана во второй половине XII – начале XIII вв.), мощи «блаженаго» Исайи были обретены при строительстве по распоряжению князя Андрея Юрьевича Боголюбского каменного Успенского собора в Ростове, немного раньше мощей святителя Леонтия, обретённых 23 мая. Согласно Житию Исайи, обретение произошло в 1164 г., мощи Исайи оказались нетленными, подобно мощам святителя Леонтия (в Никоновской летописи 1520 гг. событие отнесено к 1162 г., причём Исаия назван блаженным и чудотворцем, о нетленности его мощей не сообщается – «Полное собрание русских летописей», том 9). В новопостроенном соборе мощи святителя были поставлены «в притворе на правой стране, входя в церковь», от них были «многа же чюдеса», но по прошествии времени «в небреженьи бысть святаго гроб» («Библиотека литературы Древней Руси», том 12). В Житии Исайи не получил отражения факт переноса мощей святых при епископе Кирилле II в 1231 г., когда в Ростове был освящён новый Успенский собор, построенный вместо обрушившегося («Полное собрание русских летописей», том 1). С большой вероятностью это сообщение исследователи относят и к мощам Исайи, хотя прямо говорится лишь о переносе в собор мощей святителя Леонтия («Полное собрание русских летописей», том 1). В 1474 г. произошло второе перенесение мощей Исайи по благословению Ростовского архиепископа Вассиана I (Рыло; в Житии он назван Ионой); датировку события в разных списках Жития – 6682 (1174) или 6782 (1274) г. – исследователи считают ошибочной. 15 мая (день стал днём памяти святого) мощи Исайи были взяты из притвора и положены в новой раке «близ дверей, иже от югу» (перед иконостасом, у южной стены). Примерно в то же время было установлено местное почитание Ростовского епископ Игнатия. Святители Леонтий, Исаия и Игнатий названы в Послании на Угру архиепископа Вассиана к великому князю Ивану III Васильевичу (1480 г.), которое завершается словами: «С сим же всеми да будет милость великого Бога и Спаса нашего Иисуса Христа молитвами Пречистыя Его Матери и святых великих чудотворцев Леонтия, и Исаии, и Игнатия, Ростовских чудотворцев, и всех святых» («Библиотека литературы Древней Руси», том 7). Эти факты исследователи рассматривают в контексте политических событий своего времени. Архиепископ Вассиан (Рыло) был активным сторонником объединительной политики Московского великого князя Ивана III, который в 1474 г. приобрёл вторую часть Ростова, тем самым окончательно присоединив Ростовское княжество к Москве.