Вместе с тем память Исаии в отличие от воспоминания обретения мощей Леонтия не попала в русские месяцесловы XIII–XIV вв. Восстановление почитания Исаии связано со вторым перенесением его мощей при архиепископе Вассиане (Рыло). По мнению исследователей, в последней четверти XV в., возможно, архиепископом Вассианом, был создан канон Ростовским святителям Леонтию, Исаии и Игнатию (читается на память Леонтия 23 мая). В рукописях с конца XV в. исследователям известна отдельная служба Исайе с каноном (самые ранние списки: Российская государственная библиотека). Исайя назван в синодике ростовского Успенского собора второй четверти XV в. (Российская национальная библиотека, 1480 гг.), его память под 15 мая указана в месяцеслове в сборнике, переписанном в Ростове при архиепископе Иоасафе, в 1487 г. (Российская государственная библиотека). В перечне Ростовских владык Московского летописного свода 1479 г., восходящем, по Алексея Александровича Шахматову, к ростовскому владычному летописанию конца XIV – началу XV вв., Исаия назван чудотворцем, впрочем, по мнению исследователей, это могло быть припиской редактора свода («Полное собрание русских летописей», том 25); ср. другие списки в летописях XV в. с ошибочным порядком поставления на кафедру и составом первых Ростовских епископов: («Полное собрание русских летописей», том 4, том 18, том 42). Не позднее последней четверти XV в. было составлено Житие Исайи. При его создании помимо местных преданий были использованы указанные выше летописные и агиографические источники, а также Житие Леонтия Ростовского. Василий Осипович Ключевский выделил две редакции памятника: краткую конца XV в. (не раньше 1474 г.) и более позднюю, пространную. (Сергей Алексеевич Бугославский датировал первоначальную (краткую) редакцию Жития Исайи XIII в., эта точка зрения в настоящее время не принята.) Согласно Г.В. Семенченко, первоначальной была не краткая, а распространённая редакция, созданная около 1474 г. (рукописная традиция данной редакции представлена 70 списками начиная с первой четверти XVI в.). М.Д. Каган выделяет проложную редакцию конца XVI – начала XVII вв. Согласно Житию Исайи, святитель был уроженцем «области Киевъския», принял в юном возрасте постриг в Киево-Печерском монастыре и подражал в подвигах преподобному Феодосию. В 1062 г. (по некоторым спискам, в 1067 г.) митрополит Иоанн II поставил Исайю игуменом Димитриевского монастыря, в 1077 г. – епископом Ростовским. Первую дату исследователи считают анахронизмом: Иоанн II занимал митрополичью кафедру с 1074/1077 по 1089 гг. Происхождение второй даты исследователям неизвестно. В Житии Исаия представлен борцом с язычеством: святитель «неверных увещает веровати в Святую Троицу... и просвещает их святым крещением, верных укрепляет неподвижным и непоколебимым быти вере. Идеже идолы обретает, вся огню предаяше, и велико тщанье о том имеяше» («Библиотека литературы Древней Руси», том 12). В Житии помещён основанный на патериковом сообщении рассказ о явлении Исайе во время молитвы ангела с повелением прибыть на освящение Успенской церкви Киево-Печерского монастыря, куда он был чудесным образом доставлен из Ростова всего за сутки. Обратно он также прибыл «не умедленно и скоро, яко на облацех носим бысть» («Библиотека литературы Древней Руси», том 12).