Ростов был центром резьбы по дереву, о чём свидетельствуют сохранившиеся произведения XV–XVI вв., близкие по иконографии, стилю и приёмам резьбы. На резной иконе «Ростовские святые со святителем Николаем Чудотворцем и Спасом Еммануилом» (конец XVI в., музеи Московского Кремля) – прямоличная фигура Исаии (двуперстно благословляет десницей, в левой руке держит Евангелие). На двух деревянных крестах (середина XVI в., музей-заповедник «Ростовский кремль») с ростовыми изображениями святителей Николая и Леонтия на оборотах на средней перекладине в круглых медальонах представлены полуфигуры Ростовских святителей, в том числе Исаии. На иконе «Ростовские святители и святитель Пётр Московский» (середина XVI в., Рыбинский музей-заповедник) вырезаны образы святителей Иакова, Леонтия, Исаии и Игнатия, на раме – полуфигура святителя Петра, Московского митрополита. В XVIII – начале XX вв. Исаию писали в традиционной иконографии (нередко с добавлением панагии) в многочисленных произведениях ростовской финифти. К самым ранним изображениям Исаии в этой технике исследователи относят дробницу митры конца XVII в. из угличского Покровского монастыря (Угличский музей). Судя по письму, исследователи полагают, что поясной прямоличный образ Исаии выполнен в 1740 гг. московским мастером. Святитель представлен благословляющим, в левой руке – раскрытое Евангелие, седая борода сужается книзу. Существовали поясные и ростовые единоличные изображения Исаии в финифти, его образ всегда вводился в композиции «Собор Ростовских чудотворцев», «Моление Ростовских святителей», «Вид Ростовского кремля» и др. (музей-заповедник «Ростовский кремль», Исторический музей, музей Андрея Рублёва). Такие образки развозились паломниками по всей России. В XX в. образ Исаии исследователи встречают в группе Ростовских чудотворцев на иконах монахини Иулиании (Соколовой) «Собор святителей, в земле Российской просиявших» середины XX в. (митрополичьи палаты Троице-Сергиевой лавры) и «Все святые, в земле Русской просиявшие» 1934 г. (келейный образ  Афанасия (Сахарова), Троице-Сергиева лавра), начала 1950 гг., конца 1950 гг. (Троице-Сергиева лавра). Рисунок Исаии выполнен для Миней (Московского патриархата) иконописцами протоиереем Вячеславом Савиных и Наталии Дмитриевны Шелягиной. В современной иконописи и финифти воспроизводятся традиционные изводы иконографии Исаии. На столбиках царских врат церкви Входа Господня в Иерусалим, расположенной под соборной звонницей Ростовского кремля, есть шесть икон Ростовских святителей (2008 г., художник Людмила Анатольевна Смирнова; техника живописи по эмали); образ Исаии в рост – в верхней части левого столбика. В нише стены за ковчегом с мощами святителей Исаии, Игнатия и Даниила Переславского находится три иконы этих святых (2011 г., художник Галина Андреевна Соколова; техника горячей эмали).