Установление почитания местных святителей, по мнению исследователей, должно было продемонстрировать почтение Вассиана к предшественникам на кафедре, подчеркнуть преемственность местных церковных традиций. В Успенском соборе в Ростове, построенном в начале XVI в., рака с мощами Исайи была установлена также перед иконостасом у южной стены, где она находится и в настоящее время. В XVI в. рака святителя Леонтия была из золота (как полагают исследователи, позолоченная), рака Исаии – из серебра (по мнению исследователей, посеребрённая). 14 октября 1608 г. гробницы святителей Леонтия и Исаии были осквернены во время разорения Ростова поляками. В древнейшем описании Успенского собора в описи Ростовского архиерейского дома 1691 г. сообщается об убранстве раки Исаии: «Подле стены гроб Исаия, Ростовского чюдотворца, на нём образ его, писан на празелени, покров отласной, золотной по червчатой земле. Рака медная, позолочена, на ней круги чеканные, лощатые, позолочены ж, у главы круг чеканной, серебряной, золочен, лощатой же. Около раки решотка медная, литая. Над ракою ж ломпада медная болшая, на ней шендан оловянной» (архив музея-заповедника «Ростовский кремль»). В описи сообщается, что убранство рак Исаии и Леонтия было схожим, тогда как деревянная рака Игнатия, в XVII в. расположенная у северной стены Леонтиевского придела, была «оклеяна бархатом». Со временем рака Игнатия была перенесена к северной стене и поставлена перед иконостасом. Теперь раки Исаии и святителя Игнатия стояли на противоположных сторонах перед иконостасом, это обусловило их одинаковое убранство в виде деревянной резной сени, выполненной в 1730 гг. В 1799 г. мощи Исаии переложили в новую деревянную раку, облицованную серебром, с двумя чеканными клеймами с изображением чуда перенесения Исаии на облаке в Киев на освящение печерской церкви и возвращения его обратно в Ростов. На раке были выгравированы посвящённые святителю стихи Ростовского архиепископа Арсения (Верещагина). 25 апреля 1920 г. по постановлению десятого Ростовского уездного съезда советов, несмотря на протесты верующих, мощи Исаии вместе с мощами святителей Игнатия и Димитрия (Савича (Туптало)), преподобного Авраамия Ростовского и преподобной Евфросинии Полоцкой без облачений были выставлены в центре Успенского собора. Через неделю раки с мощами святых вернулись на свои места. Впоследствии мощи Исаии находились в деревянной раке в закрытом Успенском соборе. В конце 1980 гг. часть мощей Исаии была перевезена в Троице-Сергиеву лавру, часть передана Ярославскому и Ростовскому архиепископу Платону (Удовенко). В настоящее время честная глава Исаии хранится в Серапионовой палатке в лавре, часть мощей почивает в ростовском Успенском соборе, в ковчеге, переданном 5 июня 1999 г. из епархиального управления Ярославским и Ростовским архиепископом Михеем (Хархаровым). О сохранении памяти Исаии в домонгольский период свидетельствует летописная запись о восшествии в 1231 г. на Ростовскую кафедру епископа Кирилла, который «настолник сы и наместник святых епископ, преж бывших Ростове, – Леонтья святаго, и священнаго епископа Исаия, и Нестера» («Полное собрание русских летописей», том 1). О том же свидетельствуют и упоминания Исаии в «Киево-Печерском патерике».