Сочинения «Илья, архиепискуп Новгородьскый, исправил...» и «Кирика вопрошание» (с разделе «Ильино») были включены в Кормчую, известны в списках с конца XIII в. (новгородская Синодальная Кормчая русской редакции – Исторический музей). Константин Фёдорович Калайдович без достаточных оснований предполагал, что Иоанну принадлежат и входящие в Синодальную Кормчую «Правило епископам» и «Правило черноризцам» (эта точка зрения отразилась в дореволюционной литературе об Иоанне). Алексей Степанович Павлов атрибутировал Иоанну анонимное «Поучение Новгородского епископа», обращённое к духовенству. «Поучение…», имеющее введение и 31 статью, посвящено необходимости искоренения в среде духовенства пороков, которые его дискредитируют: пьянства, ростовщичества, невежественности и т.д., также в нём затрагиваются различные сложные вопросы пастырской практики, в том числе связанные с языческими пережитками в народной среде. В сборнике «Измарагд» XVI в. (Российская государственная библиотека) памятник носит заглавие «Слово Иоанна Златоустаго к попом и к простым людем», в сборнике XV в. (Российская государственная библиотека) автор сочинения не указан. Исследователи отмечают, что о новгородском происхождении памятника свидетельствуют особенности языка (мена «ц» на «ч»), упоминание Святой Софии и «устава блаженаго Нифонта», под которым исследователи понимают «Кирика вопрошание». Последнее заставляет исследователей датировать памятник временем не раньше 1156 г. Автор неоднократно говорит о себе как о бывшем приходском священнике, что, по мнению А.С. Павлова, указывает на Иоанна; хотя исследователям известны и другие случаи, когда Новгородские епископы поставлялись из приходского духовенства, например, Василий Калика (1331–1352 гг.). То, что «Поучение…», как следует из его текста, было составлено в первый год архиерейства автора, позволило А.С.Павлову датировать памятник 1166 г.; историк приурочил «Поучение…» к воскресенью первой недели Великого поста, традиционно бывшему временем сбора епархиального духовенства. В 1166 г. этот день приходился на 13 марта. Атрибуция А.С. Павлова была принята Владимиром Николаевичем Бенешевичем, Афанасием Прокопьевичем Щаповым и др. Согласно Житию Иоанна, вскоре после погребения святителя «быша тогда многа исцелениа от целбоносных его мощей всякыми недугы одержимых и беси от человеков отгнашася; но и послежде исцелениа бывают с верою приходящим к раце святаго» (Великие Минеи Четьи). Традиционно местную канонизацию Иоанна связывают с открытием его мощей, которое произошло в 1439 г. Новгородская первая летопись Младшего извода сообщает об этом кратко: «Того же лета обретено бысть тело архиепископа Иоана, при коем быле суздалце под Новымъгородом» (Новгородская первая летопись; ср.: «Полное собрание русских летописей», том 4, часть 1; том 30). Согласно Слову «О проявлении мощий святаго», которое является третьей частью основной редакции Жития Иоанна, вследствие падения камня из свода в приделе св. Иоанна Предтечи в Софийском соборе открылась гробница неизвестного архиерея в нетленных ризах.