В 1177 г., после поражения в военном противостоянии с Всеволодом Большое Гнездо, Мстислав и Ярополк были ослеплены и вскоре получили исцеление в церкви святых Бориса и Глеба на Смядыни под Смоленском. Судя по характеру записи об этом в новгородской владычной летописи, исследователи предполагают особо благожелательное отношение к Мстиславу и Ярополку архиепископа Илии. Скончавшийся в Новгороде в 1178 г. Мстислав Ростиславич Безокий был удостоен (впервые после св. князя Владимира Ярославича) погребения в притворе собора Святой Софии. Вокняжившийся сразу после Мстислава Ярополк был изгнан из Новгорода только под нажимом со стороны князя Всеволода Большое Гнездо. Все эти факты дают исследователям основание предполагать заинтересованное участие архиепископа Илии во внутренней политике Новгорода, хотя, как правило, владычная летопись отмечает смену князей и посадников в нейтральном тоне. Уникальное сообщение содержится в новгородской владычной летописи под 1186 г.: незадолго до кончины архиепископа Илии «приде цесарь грьцскыи Алекса Мануиловиць в Новъгород» (Новгородская первая летопись). По мнению исследователей, имеется в виду не самозванец, как предположил ещё Николай Михайлович Карамзин, а будущий основатель Трапезундской империи Алексей I Великий Комнин (около 1180/1182 г. – 20 февраля 1222 г.), которого привезли в Новгород ребёнком (вероятнее всего, окольным путём вокруг Европы). После свержения в 1185 г. его деда императора Андроника I Комнина Алексей находился в изгнании, как предполагают исследователи, в Грузии, у царицы Тамары, которая приходилась ему тёткой (Сергей Павлович Карпов, не учитывая сообщения Новгородской первой летописи, полагает, что «реальных данных для установления местопребывания Алексея и Давида (брата Алексея) в 1185–1203 гг. нет»). При архиепископе Илии продолжалось ведение новгородской владычной летописи. В конце 1160 гг., по гипотезе Алексея Александровича Шахматова, появилась новая редакция летописи (свод 1167 г.), в начальной части соединившая местную летописную традицию с «Повсестью временных лет…». Как показал А.А. Гиппиус, владычным летописцем был Герман Воята. Архиепископ Илия способствовал становлению почитания в Новгороде своего предшественника епископа Аркадия. По мнению Василия Осиповича Ключевского, раньше 1188 г. было составлено проложное Житие епископа Аркадия. Виктор Иванович Галко полагает, что Житие было написано до весны 1175 г. С конца XVI в. ко времени архиепископства Иоанна стали относить явление мощей св. братьев бояр Алфановых (см. Алфановы Никита, Кирилл, Никифор, Климент и Исаакий, преподобные), живших в действительности во второй половине XIV – первой половине XV в. С именем Иоанна ряд исследователей связывают «Гильдесгеймский (Хильдесхаймский) крест», называемый также Иерусалимским; хранится в городе Хильдесхайм в Германии (Нижняя Саксония), представляющий собой крест-мощевик (энколпион) размером 10,5х10 см, который исследователи датируют второй половиной XII – началом XIII вв. По ободу имеется надпись, её начальная часть читается следующим образом: «Г[ОСПОД]И ПОМОЗИ РАБОУ СВОЕМОУ ИЛИ(И) СТЯЖАВЪШЕМОУ Х[РЬСТ]Ъ СИИ ВЪ СИИ ВЕКЪ И ВЪ БОУДОУЩИ».