Новгородскому архиепископу Евфимию II (Вяжицкому) во сне явился Иоанн, сообщил, что мощи принадлежат ему, и повелел 4 октября праздновать память князей и епископов, погребённых в новгородском Софийском соборе (Великие Минеи Четьи). Характеристика Евфимием явившегося ему Иоанна как «великого святителя Божиа» говорит о том, что почитание Иоанна уже было распространено. Так, с одной стороны, уже в «Слове о знамении Святыя Богородица» около середины XIV в. Иоанн характеризуется как «святый... архиепископ» («Библиотека литературы Древней Руси», том 6); с другой – к 1430 гг. точное местоположение гробницы Иоанна в соборе было забыто, что заставляет исследователей сомневаться в сообщении Жития о многочисленных чудотворениях до открытия мощей святителя. В.Л.Янин, исследовавший некрополь Софийского собора, высказал предположение, что мощи, открытые в 1439 г., принадлежали не Иоанну, а его брату Гавриилу, который скончался после Иоанна (мощи находились не возле стены, где должно было быть более раннее погребение, а на некотором расстоянии от неё). С 1439 г. святитель именуется в текстах не Илиёй, как в современных ему источниках, а Иоанном (Новгородская первая летопись). Житие Иоанна сохранилось в нескольких редакциях. Первоначальная редакция дошла в двух вариантах, представленных старшими списками в Прологах: Российский государственный исторический архив (1479 г., Новгород) и Библиотека Академии Наук (начало XVI в.); помимо этого первоначальная редакция также вошла в Великие Минеи Четьи. Житие в данной редакции содержит краткое жизнеописание Иоанна: сведения о его происхождении, о служении в церкви священномученика Власия, о возведении на кафедру, о строительстве церквей с братом, о принятии схимы, о кончине и о погребении. Лев Александрович Дмитриев полагал, что данная редакция была составлена до середины XIV в., прежде появления «Слова о знамении Святыя Богородица». Исследователи полагают, что основная редакция Жития Иоанна (старший список – Российская национальная библиотека, 1494 г.), в которой использована первоначальная редакция, была составлена в конце 1470 – начале 1480 гг. (Василий Осипович Ключевский) либо, по другой версии, в 1471–1472 гг. (Л.А. Дмитриев). В.О. Ключевский и священник В. Яблонский полагали, что основная редакция Жития была написана Пахомием Логофетом; Л.А. Дмитриев, усматривая в сочинении промосковскую тенденцию, считал более вероятным составление текста москвичом на основе новгородских материалов. В основу данной редакции положена особая редакция «Слова о знамении Святыя Богородица». Слово второе основной редакции – о путешествии Иоанна на бесе в Иерусалим, где святитель поклонился Гробу Господню («како был в единой нощи из Новаграда во Иеросалиме граде и пакы возвратися в Великий Новъград тое же нощи»), носит книжно-легендарный характер. Согласно данному повествованию, бес, мстя святому, подстроил обвинение его горожанами в прелюбодеянии. Новгородцы изгнали святителя, посадив его на плот, который, однако, поплыл против течения Волхова к Юрьеву монастырю, и потрясённые чудом горожане упросили Иоанна вернуться на кафедру (в Новгородской первой летописи под 1176 г. отмечено пятидневное обратное течение Волхова).