Начиная с Иоанна, на печатях Новгородских иерархов появляются надписи не на греческом, а на церковнославянском языке. (Валентин Лаврентьевич Янин, используя недавно найденную печать Ростовского епископа Леонтия II, считает дарование архиепископского титула ему и Илии взаимообусловленным и одновременным). Однако исследователи считают более вероятным, что Леонтий получил свой титул от следующего Киевского митрополита – Константина II (около 1169 г.). Согласно точке зрения В.Л. Янина, поддержанной Ярославом Николаевичем Щаповым, архиепископский титул на Руси в XII в. носил личный характер и являлся, как правило, результатом пожалования митрополитом конкретному архиерею (при этом в Константинополе за Новгородскими архиереями этот титул обычно не признавали). Сан архиепископа имел предшественник Иоанна на кафедре Нифонт (управлял епархией в 1130/1131–1156 гг., в сане архиепископа со времени не позднее 1148 г.), который получил титул не от Киевского митрополита, но, очевидно, от Константинопольского патриарха при не признанном Константинополем митрополите Клименте Смолятиче. Исследователям известен антиминс 1148 г., подписанный архиепископом Нифонтом. Несмотря на то что святитель Нифонт, по мнению исследователей, был первым Новгородским архиепископом (гипотезу В.Л. Янина о том, что титул архиепископа имел его предшественник Иоанн Попьян, исследователи признают необоснованной), в позднесредневековой русской традиции первым Новгородским архиереем, имевшим титул архиепископа, считался Иоанн. С его имени (Илия) начинается список «А се архиепископы», находящийся среди статей, предшествующих в рукописи середины XV в. Комиссионному списку Новгородской первой летописи Младшего извода (составлен не раньше 1421 г.; Новгородская первая летопись); первым Новгородским архиепископом Илия назван также в Никоновской летописи. Время пребывания Иоанна на Новгородской кафедре характеризуется активным храмовым строительством. В год хиротонии епископа в Новгороде были возведены две церкви: купцы-«шетициницы» построили церковь Святой Троицы, а князь Святослав Ростиславич – Никольский храм на Городище (Новгородская первая летопись). Исследователи не исключают участие архиерея в освящении этих церквей. В 1165/1166 г. была заложена надвратная церковь Спасителя в Юрьевом монастыре, в 1166/1167 г., «при архиепископе Илии», Сотко Сытинич заложил в Детинце каменную церковь во имя святых Бориса и Глеба (Новгородская первая летопись). В 1171/1172 г. была заложена церковь св. Иакова в Неревском конце, в 1172/1173 г. «святи церковь Новегороде Илия, архиепископ Новгородьскыи, святую мученику Бориса и Глеба, каменую, в граде, месяца октября в 14, а другую – святого Спаса на воротех святого Георгия, камяну» (Новгородская первая летопись). Кроме того, в 1176 г. бояре Михаль Степанич и Моисей Домажирич построили церкви св. Михаила и Усекновения главы св. Иоанна Предтечи (Новгородская первая летопись). В 1181 г. был воздвигнут ряд деревянных церквей: «Сърубиша церковь святого Иякова на Добрыни улици, и святую безмездьнику Къзмы и Дамияна, и святого Савы, и святого Георгия, и святого Иоанна Ищькову» (Новгородская первая летопись).