В Москве состоялся церковный Собор, на котором отлучение с Иосифа было снято, а архиепископ Серапион не позднее мая 1509 г. был сведён с кафедры («Полное собрание русских летописей», том 5, выпуск 1; том 6, выпуск 2; том 24, том 30). Дело архиепископа Серапиона расследовалось на церковном Соборе в июле 1509 г. (Послания Иосифа Волоцкого). Сторону обвинения представляли Ростовский архиепископ Вассиан (Санин) и игумен московского Богоявленского монастыря Нил Грек. Архиепископ Серапион обвинялся в том, что отлучил Иосифа, не поставив в известность великого князя и митрополита, а также в том, что по делу архимандрита Алексия (Пильемова) одновременно выдал две грамоты: благословенную и неблагословенную. Обвинения в адрес архиепископа Серапиона приобрели политическую окраску, поскольку он упрекал Иосифа в том, что тот «отступил от небесного, а пришёл к земному», что было истолковано, как будто владыка Серапион «нарёк князя Фёдора небесным», а великого князя – «земным» (Послания Иосифа Волоцкого). Архиепископ Серапион отверг обвинения в свой адрес, сославшись на то, что его не пустили в Москву, а его посла «зиму изволочив (по мнению исследователей, в 1509 г.), отпустили ни с чем» (Послания Иосифа Волоцкого). Решением Собора Серапион был заточён в Андроников в честь Нерукотворного образа Спасителя мужской монастырь под началом ученика Иосифа архимандрита Симеона («Полное собрание русских летописей», том 24, том 8). Конфликт между архиепископом Серапионом и Иосифом оказался в центре общественного внимания. Монах Кириллова Белозерского монастыря Герман (Подольный) адресовал послание проживавшему в заволжских скитах Нилу (Полеву), в котором указывал, что Иосиф и все его постриженики отлучены от церкви, и им надлежит «прощенье просити от архиепископа нашего Серапиона». Иван Иванович Третьяков также призывал Иосифа просить прощения у архиепископа (Послания Иосифа Волоцкого), свои сомнения относительно правоты волоцкого игумена выражали близкие ему Борис Васильевич Кутузов (Послания Иосифа Волоцкого) и Иван Иванович Головин (Послания Иосифа Волоцкого). Явно сочувственное отношение к архиепископу Серапиону прослеживается в новгородском летописании («Полное собрание русских летописей», том 3). В ответных посланиях И.И. Третьякову (декабрь 1510 г. – январь 1511 г.) и Б.В. Кутузову (до апреля 1511 г.) Иосиф отстаивал свою позицию. В последние годы жизни князь Фёдор Волоцкий примирился с Иосифом и был погребён в Волоколамском монастыре («Полное собрание русских летописей», том 6, том 24). После смерти князя Фёдора в мае 1513 г. Волоцкое княжество вошло в состав великокняжеских владений, а Волоколамский монастырь стал обителью великих князей. Вопрос об отношении Василия III к Волоколамскому монастырю в последние годы жизни Иосифа для исследователей не вполне ясен. О расположении великого князя говорят его жалованные грамоты и пожертвования: 17 февраля 1515 г. Василий III выдал Иосифову монастырю две жалованные грамоты на ранее полученные от волоцкого князя земли (Акты феодального землевладения и хозяйства), в апреле 1515 г. великий князь впервые посетил монастырь и оказал обители щедрую помощь хлебными пожалованиями и деньгами («Полное собрание русских летописей», том 6, том 8, том 13, часть 1).