В марте 1500 г. Волоцкий князь подтвердил прежнее пожалование и передал монастырю земли в Ржевском уезде: деревню Медведкову и половину слободы Тимофеевской с освобождением от дани и с широким судебным иммунитетом. В том же месяце монастырь получил от князя Фёдора Борисовича двор в Волоке Ламском с освобождением от всех налогов («белая места»). Брат князя Фёдора Рузский князь Иван Борисович перед смертью пожаловал монастырю село Спасское и прилегающие к нему 38 деревень. В 1511–1512 гг. монастырь получил от Волоцкого князя Фёдора Борисовича жалованные грамоты с освобождением почти от всех налогов и с широкими иммунитетными привилегиями на деревни Антушево, Бородино, Овсянниково и Шульгино и на деревни в Рузском уезде. Щедрые земельные пожалования в 1506 и 1507 гг. сделал в монастырь удельный князь Дмитровский Юрий Иванович. В 1510 г. князь Юрий Иванович передал монастырю село Белково с деревнями в Рузском уезде. Эти владения также получили широкий судебный иммунитет, а все налоги были заменены денежным оброком. Последними жалованными грамотами, полученными монастырём в период игуменства Иосифа, были грамоты великого князя Василия III Ивановича от 17 февраля 1515 г. с освобождением от большинства налогов монастырских владений: деревню Попаиловы в Тверском уезде, слободки Тимофеевской и деревни Медведково в Ржевском уезде. Всего, по подсчётам А.А. Зимина, в период игуменства Иосифа монастырь получил 27 земельных вкладов, десять из которых были сделаны удельными князьями. Поступление значительных денежных вкладов в дальнейшем позволило активно формировать монастырскую вотчину за счёт покупки и обмена земельных владений. При Иосифе монастырь совершил 21 покупку и произвёл десять обменов земель. В церковном отношении Иосифов монастырь принадлежал к Новгородской архиепископии. Новгородский архиепископ Геннадий (Гонзов) оказывал покровительство монастырю и пожаловал ему в виде вкладов более 200 руб., колокол за 100 руб. и село Мечевское. В дальнейшем архиепископ Геннадий предоставил Иосифу право получать все церковные доходы в Волоцком княжестве в пользу монастыря. На первом этапе братию обители составили монахи, которые пришли из Пафнутиева монастыря, и постриженики из числа небогатых волоцких вотчинников. Иосиф постригал также людей низкого социального происхождения («от простой чади») и даже беглых холопов. В Посланиях князю о постригшемся «человеке» он отстаивал право каждого выбирать свою судьбу. По мысли Иосифа, монашеский постриг освобождает от грехов, подобно второму крещению. Напротив, человек, «святый образ иночествующий отложивый, не имат части с веръными, но во отвергшихся веры причитается чин и муку». Согласно правилам Иосифова монастыря, монаху, оставившему монастырь, но покаявшемуся, полагалась епитимия в течение шести или десяти лет (Российская государственная библиотека). Иосиф охотно принимал пострижеников из других монастырей, о чём позднее с негодованием писал Новгородский архиепископ Серапион. При жизни Иосифа в его монастыре проживали бывшие игумены Саввина Сторожевского монастыря Иоасаф и Каллист (Великие Минеи Четьи).