По свидетельству Иосифа, Новгородский владыка был не в силах защитить его от насилий Волоцкого князя, наоборот, дал ему совет: «Не достоит ти с князем Феодором сваритися и силою у него жити на его отчине». В феврале 1507 г. Иосиф обратился к великому князю Василию III и к Московскому митрополиту Симону с просьбой принять его монастырь «в великое государство» от «удельного насильства» («Полное собрание русских летописей», том 24). По решению великого князя и архиерейского Собора верховным патроном монастыря стал великий князь, однако обитель продолжала платить налоги со своих земель Волоцкому князю (Акты феодального землевладения и хозяйства) и оставалась в церковной юрисдикции Новгородского архиепископа. Действия Иосифа были восприняты в обществе неоднозначно. Они ставили под сомнение не только власть князя Фёдора Борисовича, но и власть всех других светских патронов над находившимися в их владениях храмами и монастырями. Несмотря на злоупотребления, согласно нормам традиционного права патроната, Волоцкий князь считался верховным собственником переданного монастырю имущества. Поэтому Иосиф был вынужден приложить много усилий для оправдания своей позиции. Ситуация получила неблагоприятный для Иосифа поворот ещё и потому, что архиепископ Серапион узнал о решении волоцкого игумена с опозданием на два года. Не позднее осени 1507 г. Иосиф отправил в Великий Новгород инока Игнатия (Огорельцова), но его не пустили дальше Торжка из-за карантина в связи с эпидемией чумы (Великие Минеи Четьи). Иосиф не стал ничего предпринимать, полагаясь на обещание Василия III сообщить обо всём Новгородскому владыке. Тем не менее, узнав о происшедшем, архиепископ Серапион, по свидетельству Иосифа, продолжал жаловать монастырь на протяжении последующих двух лет (Послания Иосифа Волоцкого). Резкую перемену, которая произошла в их отношениях, Иосиф объяснял интригами князя Фёдора Волоцкого и архимандрита Алексия (Пильемова), которые при помощи митрополичьего боярина князя Ивана Кривоборского (Младшего) представили поступок волоцкого игумена в ложном свете. В пользу справедливости этой версии свидетельствует и тот факт, что позднее о содержании неблагословенной грамоты почти одновременно с её доставкой в Иосифов монастырь оказался осведомлён князь Фёдор Борисович. Положение Иосифа усугубляла тяжёлая болезнь, которая примерно с 1508 г. приковала его к постели. В Великий пост 1509 г. архиепископ Серапион послал Иосифу неблагословенную грамоту (не сохранилась), в которой объявил переход Иосифова монастыря под великокняжеский патронат без ведома и благословения архиерея «великим безчинием», а Иосифа отлучил от священства (Послания Иосифа Волоцкого). Кроме того, архиепископ Серапион обвинил Иосифа в том, что он принимает чёрных священников из чужих епархий и разрешает им служить без предъявления ставленных и отпустных грамот (Послания Иосифа Волоцкого). Отлучение от церкви волоцкого игумена наносило страшный удар по престижу монастыря. Некоторые иноки Волоколамской обители советовали Иосифу принести повинную владыке (Великие Минеи Четьи). Он обратился с посланиями к великому князю и митрополиту (Послания Иосифа Волоцкого).