Базилика св. Ианнуария за городскими стенами (Большая базилика; Basilica maior; итал. San Gennaro extra Moenia) была построена рядом с западным входом в катакомбы, на уровне входа в церковь св. Агриппина и спуска из верхних катакомб. При постройке срубили часть скалы, обнажившей западные выходы из катакомб. Базилика ориентирована на север, вход расположен с юга, из внутреннего двора более позднего здания приюта для бедных (Ospedale S. Gennaro dei Poveri). В конце V в. рядом со входом в ипогей св. Агриппина и с базиликой Неаполитанский епископ Виктор построил и освятил церковь во имя первомученика Стефана (точное местонахождение исследователям неизвестно). Исследователь У. Фазола связывал строительство трёхнефной базилики с перенесением в неё мощей Ианнуария из катакомб (начало VI в.). После перенесения мощей в Беневенто здание было заброшено. Бенедиктинцы, приглашённые епископом Афанасием I (849–872 гг.), восстановили и расширили базилику, пристроив к ней здания монастыря, посвящённого Ианнуарию и св. Агриппину. К XIV в. исследователи относят сохранившуюся колокольню. Просуществовав до 1356 г., монастырь и базилика запустели. По инициативе архиепископа Неаполя кардинала Оливьеро Караффы в заброшенных зданиях была устроена больница для жертв эпидемии проказы 1474 г., тогда же был перестроен храм. Барочный облик здания госпиталя приобрели после того, как в 1667–1669 гг. здесь разместился приют для бедных. В 1892 г. свод храма был заменён стропильным перекрытием, в 1902 г. был ликвидирован барочный стукковый декор. В ходе реставрации в 1927–1932 гг. храму вернули облик, который он имел после перестроек XV в. От базилики VI в. сохранилась только апсида, оформленная триумфальной аркой на коринфских колоннах (сполии); аркатуру разделяющих нефы колоннад на композитных пилястрах исследователи относят к эпохе Ренессанса. При реставрации обнаружена фреска (вторая половина VI – VII в.?) с тремя фигурами (вероятно, Христос между апостолами или святыми). Фреску фасада исследователи датируют началом V в. или VI в. В настоящее время храм не используется по назначению, из соображений безопасности хранившиеся в нём произведения искусства перенесены в городской музей Кастель Нуово. Собор Вознесения Богородицы (окончен около 1313 г.) представляет собой огромное (длина около 100 м) готическое здание. Он построен на месте так называемой базилики Стефания (V в.), в его состав включена южная часть базилики св. Реституты (V в.; собор ориентирован на восток, базилика – на север) с баптистерием, в котором сохранились мозаики начала V в. В связи с возвращением в Неаполь мощей Ианнуария в 1497–1508 гг. соборная крипта была полностью перестроена по заказу кардинала Оливьеро Караффы (итал. Cappella del Succorpo, или Cappella Carafa).