Церковь служила местом почитания не только Ианнуария, но и других св. епископов. Бывший ипогей (вестибюль верхних катакомб) был превращён в нартекс с устройством трёхчастного входа. Были прорублены перегородки, и создано пространство базилики, по мнению исследователей, разделённой на нефы стенами с аркадами (не сохранились). На сводах уцелели фрагменты фресок – 14 портретов епископов. Позже с восточной стороны было создано дополнительное обширное пространство – «присоединённая базилика» (basilica adiecta, размер 50х12 м) с поперечной тройной аркадой в западной части и эдикулой с изображением св. Креста в столпе – в восточной (исследователи полагают, что создано после возвращения Иерусалима христианами в 628 г.). Во время иконоборческих гонений в катакомбах два года укрывался епископ Павел II (762–766 гг.), которого провизантийская партия не впускала в город. В этот период в вестибюле нижних катакомб был устроен баптистерий. Исследователи полагают, что тогда же были вырублены две ниши-эдикулы в пилонах, была написана сцена «Крещения Христа» над входом (почти не сохранилась). К VIII в. исследователи готовы отнести фрески правой эдикулы – поясное изображение Христа, ниже помещались образы св. дев: мученицы Агафии между великомученицей Екатериной и мученицей Евгенией, на боковых стенках – мученицы Юлианы и великомученицы Маргариты, к VII–VIII вв. – фреска с фигурами двух святых справа от алтаря. Здесь были похоронены неаполитанские дуки Стефан II (755–766 гг., епископ в 766–799 гг.) и Стефан III (821–832 гг.). После перенесения мощей Ианнуария в Беневенто (831 г.) катакомбы запустели. Епископ Иоанн IV (около 842–849 гг.) перенёс в кафедральный собор останки своих предшественников, при епископе Афанасии I (849–872 гг.) забота о катакомбах была передана бенедиктинцам. Катакомбы использовались ещё в XIII в. и были заброшены, как и прилегающий монастырь, после середины XIV в. После середины IX в. был создан ряд фресок разного качества и назначения (среди них много вотивных). Сохранившиеся изображения в западной зоне верхних и нижних катакомб исследователи готовы датировать только на основе стилистики. Часть приводимых в литературе датировок VI–IX вв., по мнению исследователей, ничем не обоснована. По мнению исследователей, ко второй половине IX в. относится плохо сохранившееся изображение Пантократора между двумя ангелами, помещённое в световом колодце у входа в церковь св. Агриппина. Та же композиция в световом колодце верхнего вестибюля (из-за прорубки которого была разрушена одна из сцен с летящей Викторией) существенно отличается по стилю и восходит, по мнению исследователей, к Х–XI вв. Тогда же, как полагают исследователи, скорее всего, был создан нижний слой фресок на стене, закрывшей вход в «confessio» (Ианнуарий на фоне Везувия и Соммы), в то время как верхний слой (мученик Прокл и Ианнуарий), фрески на соседних боковых стенах (слева – мученики Фест и Евтихий, справа – Дезидерий и Акутий), росписи в устроенном в верхнем вестибюле аркосолии над захоронением неизвестного почитаемого епископа (где он изображён с предстоящими, а на своде – св. Агриппин и Ианнуарий), а также фреска в «малой базилике», слева от входа в Крипту епископов, где представлены Ианнуарий и неизвестный святой-бенедиктинец, относятся к ХI–ХII вв.