Главный вход в катакомбы находится с запада, однако в настоящее время используется новый, прорубленный в 1969 г. с восточной стороны. Спуск к нему ведёт от площадки у апсиды церкви Богородицы Доброго Совета (Basilica dell'Incoronata Madre del Buon Consiglio; 1920–1960 гг., архитектор В. Вечча), построенной по образцу базилики св. Петра в Риме. Наиболее древней частью катакомб является ипогей с кубикулами для захоронений, который позднее стал вестибюлем нижних катакомб. Его свод покрыт сложным геометрическим орнаментом конца II – начала III вв. С юга к нему примыкал другой ипогей (остались фрагменты орнаментальных фресок на своде), позже превращённый в церковь св. Агриппина. Тремя метрами выше с северной стороны расположен ещё один ипогей, ставший позже вестибюлем верхних катакомб. На потолке сохранились росписи, имеющие типичное для римских гробниц композиционное решение. В центре – изображение летящей богини Виктории в октагональном обрамлении, в углах – путти. На стенах расположено четыре сцены, из которых западная, находившаяся ближе к входу, полностью утрачена. На восточной стене – «Строительство мистической башни», уникальная композиция на тему отрывков «Пастыря» Ермы. В северной части композиции изображены Адам и Ева у древа познания (без змея), в южной – Давид и Голиаф (сохранились частично). Человеческие фигуры окружены изображениями животных, цветов и фруктов в традиции, типичной для античного иллюзионизма. Фрески исследователи датируют первой половиной III в. К северу от верхнего вестибюля находятся помещения, так называемой греческие зоны, где сохранился комплекс погребальных ниш, полностью покрытых декоративными росписями (III в.). После того как в конце III в. в южной ипогее был захоронен Неаполитанский епископ Агриппин, катакомбы стали местом паломничества. Ипогей был расширен и превращён в церковь св. Агриппина, сохранились вырубленные в скале престол и синтрон. В IV в. нижние катакомбы стали быстро расширяться. В них сохранились ниши разных типов, почти лишённые специального архитектурного убранства. В одном из аркосолиев сохранились декоративные мозаики, в некоторых других – фрески, которые исследователи относят, скорее всего, к середине – второй половине III в. (традиционно многие из них датируются IV в.). Помимо многочисленных декоративных и символических мотивов (павлин, виноградные лозы) сохранились изображения безбородого Христа с жезлом и со щитом, Доброго пастыря, сцены «Моисей, извергающий источник из скалы», «Иона под тыквой», а также ряд неидентифицированных изображений. К более позднему периоду (V в.?) исследователи относят «палимпсест» на стене церкви св. Агриппина, где сохранились две ростовые фигуры и ниже фрагмент неизвестной сцены. Северные катакомбы в IV в. практически не расширялись. После перенесения туда мощей Ианнуария между 413 и 431 гг. они превратились в крупнейшее кладбище и богослужебный комплекс. В V в. строители верхних катакомб увеличили объём пространства, расширив ряд помещений и прорубив коридор до дохристианских ипогеев на восточной стороне холма. По мнению исследователей, к середине VI в. здесь перестали совершаться захоронения, поскольку в северо-восточной части катакомб есть много неоконченных аркосолиев, стен без ниш. В верхних катакомбах сохранились многочисленные фрески, в основном, в лучшем состоянии, чем в нижних катакомбах.