Фрески в аркосолиях северо-восточной зоны исследователи относят к V в.: мученик Ианнуарий с усопшими Коминией и Никациолой в позах орантов (древнейшее изображение Ианнуария, с нимбом с хризмой, альфой и омегой; по стилистике исследователи относят к 450–470 гг.), св. Елевсиний в медальоне, погрудные изображения апостолов Петра и Павла и св. Виталии. К V в. исследователи относят также фрески в одном из кубикулов главного коридора. В боковом аркосолии изображён апостол Пётр, которому подносит венец мученика неизвестный персонаж (по мнению исследователей, св. Стефан или Ианнуарий), напротив расположено такое же изображение с апостолом Павлом и мучеником Лаврентием. Обе группы обращены к центральному аркосолию, где находилась утраченная к настоящему времени мозаика, изображавшая, как полагают исследователи, Христа, Которому через апостолов передаются мученические венцы. В соседнем кубикуле сохранились изображения (в позе орантов) захороненных здесь усопших: в одном аркосолии – Феотекн с женой Иларией и дочерью Ноннозой (первая половина VI в.), в другом – Прокл (V в.). При перенесении в катакомбы мощи Ианнуария были помещены в зал (так называемый confessio) к северу от церкви св. Агриппина (после перенесения мощей в начале VI в. (?) вход в наружную «большую базилику» был заложен). Вскоре рядом было устроено помещение для захоронения епископов, так называемая Крипта епископов (открыта в 1971 г.). Она находится значительно выше уровня пола верхних катакомб, откуда был устроен вход. Её высота достигает 6 м, т.к. при прорубке светового колодца в неё был включён находящийся ярусом выше древний ипогей. Считается, что здесь хоронили епископов Неаполя, начиная с Иоанна I (413–432 гг.) и до епископов VI в., но, возможно, не всех; полный список погребённых епископов исследователям неизвестен. В крипте есть ряд аркосолиев, украшенных фресками (очень плохой сохранности) и мозаиками с портретами епископов в медальонах, окружённых побегами виноградной лозы. Мозаиками украшены четыре аркосолия: центральный (в нижней части западной стены), соседние аркосолии в боковых стенах и ещё один на высоте 4 м от пола в восточной части северной стены. Личности изображённых епископов исследователям неизвестны, за исключением персонажа с тёмной кожей, который идентифицируется со святителем Кводвультдеем, епископом Карфагена, бежавшим от вандалов и умершим в Неаполе в 454 г. Все мозаики традиционно датируются V в., однако мозаики центрального и левого аркосолиев исследователи предлагают отнести к первой половине VI в. За счёт расширения главного коридора у входа в крипту была создана церковь, которая соотносится с упоминаемой в источниках «малой базиликой» (basilica minor). Её возникновение связывается с окончанием захоронений в крипте (начало VI в.).