Эсхатологию исследователи считают ещё одной характерной чертой богословия «Послания Иуды». Автор описывает современных ему лжеучителей как беззаконников последнего времени, ссылаясь как на древних ветхозаветных праведников, так и на «апостолов Господа нашего Иисуса Христа». Временные планы замыкаются в эсхатологической перспективе, в переживании «последнего времени» и ожидании скорого пришествия Господа Иисуса Христа (переосмысленное пророчество из книги Еноха: «...Се, идёт Господь со тьмами святых Ангелов Своих – сотворить суд над всеми…»). События эсхатологического плана соответствуют изначальному замыслу Божию (о лжеучителях последнего времени говорится, что они «издревле предназначены к сему осуждению»). По мнению исследователей, именно желанием выразить мысль о божественном достоинстве Христа объясняется то обстоятельство, что автор не называет себя «братом Иисуса Христа», хотя это именование должно было иметь большое значение для членов палестинской раннехристианской общины. Второй основной богословской проблемой, поднимаемой в «Послании Иуды», исследователи считают учение о благодати. Противников автор «Послания Иуды» упрекает в том, что они обращают «благодать Бога нашего в (повод к) распутству». Таким образом, речь идет об антиномистах, полагавших, что благодать, явленная в новозаветную эпоху, отменяет любой закон – как ветхозаветные предписания, так и общечеловеческие нравственные ограничения. Против этой позиции направлены многочисленные обличительные метафоры в тексте «Послания Иуды». В увещании к верным, представляющем собой основную часть «Послания Иуды», выражается мысль о том, что христиане действительно обладают свободой, но это свобода от греха. Поэтому, говоря о благодати и милости, которых удостоены верные, автор «Послания Иуды» обращается к «могущему… соблюсти… от падения и поставить пред славою Своею непорочными…». «Милость от Господа нашего Иисуса Христа» даётся тем, кто сохраняют себя в любви Божьей, т.е. действие благодати предполагает целенаправленное волевое усилие человека. Автор «Послания Иуды» акцентирует внимание на кафоличности как определяющем критерии подлинности и достоверности богословского учения. Вера передана святым как единое и целостное предание (букв. «переданную один раз»). Люди, не принимающие этой веры, виновны в разделении общины. Эта вера «святейшая», хранимая во все времена (отсюда внимание автора к древним сюжетам и пророчествам). Хранение этой веры – главная цель, ради которой написано «Послание Иуды». Учение о вере, выраженное в «Послании Иуды», получило в критической школе название «раннего католицизма». Под «ранним католицизмом» понимается тенденция к унификации вероучения и созданию единой церковной организации, противопоставленной разнообразию вероучительных традиций как проявлению гетеродоксии. Подобная точка зрения подразумевает эволюцию христианства от многообразия общин со своими преданиями, восходящими к их основателям, к магистральной «большой Церкви» с единым вероучительным нормативом. Соответственно понятие «вера» приобретает значение доктрины. Р. Бокем и Р. Уэбб выступали против возможности осмысления «Послания Иуды» в категориях «раннего католицизма», в особенности против понимания веры в «Послании Иуды» как строго установленной доктрины.