Со второй половины XIII в. вопрос об индивиде практически полностью смещается в область споров об индивидуации и о принципе индивидуации. Хотя большинство средневековых авторов претендовали на то, что при рассмотрении этого комплекса проблем они опираются на учение Аристотеля, современные исследователи выделяют несколько устойчивых позиций относительно принципа индивидуации, с трудом согласующихся друг с другом. Значительное внимание различным аспектам проблемы индивидуации уделили в своих сочинениях такие мыслители этого времени, как Генрих Гентский, Иоанн Дунс Скот, Годфруа из Фонтене, Пётр Ауреоли, Иоанн Бэконторп, Иаков из Витербо, Рихард из Мидлтона, Генрих из Харкли, Уолтер Барли и др. (см. ст. Индивидуация). Одним из наиболее важных частных вопросов, посвящённых индивидуации, но внутренне связанных с пониманием природы индивида, был вопрос об индивидуальности «отделённых субстанций», т.е., применительно к христианскому вероучению, ангелов. Значительное распространение в XIII в. получила позиция Фомы Аквинского, согласно которому для ангелов, лишённых индивидуализирующей материи, индивид тождественен виду, поэтому каждый ангел есть одновременно отдельный индивид и особый вид. Однако это учение Фомы Аквинского оспаривалось многими теологами, видевшими в нём отголоски взглядов Авиценны, в соответствии с которыми ангелы обладают божественной природой. В частности, Генрих Гентский посвятил теме ангельской индивидуальности несколько обширных «вопросов», в которых пытался доказать, что сведение индивидуальности к материи или форме приводит к теологическим проблемам, и потому последним основанием всякой индивидуальности следует признать Бога, творящего единичные вещи и наделяющего их уникальным индивидуальным существованием. Исследователи полагают, что под влиянием Генриха Гентского тезисы о том, что Бог не может умножить индивиды внутри вида без помощи материи, были включены как еретические в список заблуждений, опубликованный в 1277 г. Парижским епископом Этьеном Тампье. Важную роль в развитии средневекового учения об индивиде сыграл представленный в сочинениях Иоанна Дунса Скота и его последователей отход от рассмотрения вопросов об индивидуации и индивида в границах аристотелевской дихотомии материи и формы. Согласно Иоанну Дунсу Скоту, из множества различных характеристик индивидуальности, выделенных к его времени исследователями этой проблематики, наиболее важной исследователи считают изначальную характеристику «неделимость». При этом он акцентировал различие между «интегральными» частями (partes integrales) и «субъективными» частями (partes subjectivae) вещи. Очевидно, что всякий человек может быть разделён на какие-то части: например, можно отделить ноги от туловища или душу от тела. Все части, получающиеся в результате такого деления, суть интегральные части человека, т.е. части, входящие в него как в целое и вне этого целого человеком не являющиеся. Делимость на такие части нисколько не препятствует тому, чтобы всякий человек был единым уникальным индивидом. Неделимость, которая характеризует индивид, указывает на невозможность разделить индивидуальное сущее на субъективные части, т.е. на такие части, которые были бы тем же самым, что и делимое целое.