Однако, будучи повреждёнными, эти естественные силы в человеке нуждаются в сверхъестественной помощи благодати Божьей, которая «не отвергает действия наших естественных сил и не делает употребления их излишними; но она содействует им, укрепляет и возвышает их, и взаимно требует их содействия». Особое внимание Иоанн уделяет таинствам как средствам усвоения и сохранения благодати; специальные разделы он посвящает таинствам покаяния, причащения и елеосвящения, подробно рассматривая их действия в духовной жизни христианина. В очерке «О нравственном состоянии человека, благодатью возрождённого» Иоанн описывает различные действия благодати Божьей (преимущественно на основании свидетельств Священного Писания): действия, предваряющие обращение человека к Богу; действия самого обращения (благодатное просвещение ума, очищение сердца, направление воли к добру); действия, восполняющие или совершающие обновление человека (с изображением свойств человека, обновлённого благодатью, – в уме, в совести, в сердце, в воле, в теле). В конце очерка Иоанн приводит выдержки на эту тему из творений Макария Великого (по русскому переводу, изданному в «Христианском чтении» за 1821 г.). В другом очерке, сходном по тематике («О благодатном возрождении и обновлении человека»), Иоанн проводит параллель между образом возрождения человека и образом сотворения мира. Отдельные очерки «Деятельного богословия» посвящены евангельскому закону, молитве и воспитанию. В проповеднической деятельности Иоанн открыл «новую эпоху» – «жизненно-практическое направление» в отечественной проповеди и «стремление освещать и оценивать в духовной журналистике факты общественной жизни с религиозно-нравственной точки зрения». Протоиерей Георгий Флоровский отмечал, что «это был человек крутого нрава и острой мысли, «замечательно образованный, но свирепый человек». В эпоху «великих реформ» он с неожиданной смелостью и откровенностью заговорил о христианском суде и обновлении жизни, о житейской и общественной неправде». По подсчётам историка Николая Алексеевича Романского, всего опубликовано 60 бесед Иоанна. Из них 30 было собрано во втором издании сборника «Беседы, поучения и речи, сказанные смоленской пастве» (1876 г.; в первом издании сборника (1871 г.) помещено 28 бесед; уже современники отмечали небрежность, опечатки и неполноту обоих изданий), остальные напечатаны в журналах «Смоленские епархиальные ведомости» (1880 г.), «Православный собеседник» (1857–1859 гг.), «Христианское чтение» (1865, 1866, 1870, 1874 гг.). Первая проповедь была произнесена в Сергиевском посаде (1842 г.), 24-я – в Санкт-Петербурге, шеста – в Казани, остальные – в Смоленске. Многие проповеди и беседы Иоанна не были опубликованы и известны исследователям только по названиям.