Выступая в защиту монашествующего епископата, Иоанн наряду с каноническими приводил также догматические обоснования связи между архиерейством и монашеством. «Основная мысль епископского безбрачия... – писал Иоанн, – заключается в самом отношении епископа к Церкви, в его духовном союзе с нею. Как Церковь изображается в слове Божием невестою Христовою, святою и чистою девою в таинственном союзе со Христом, и союз её с Ним представляется в виде супружеского союза (Ефес. 1:5), то епископ, как высший пастырь Церкви и образ Христа, в церковном учении изображается хранителем её духовного девства, т.е. чистоты внутренней, в вере, в жизни, во всей её деятельности среди мира, и для того обручённым с нею, как и апостол Павел говорил о себе в отношении к коринфской церкви (2 Кор. 11:2)». Монашество Иоанн понимал как исключительное, безусловное посвящение человека Богу. Поэтому епископ, будучи «обрученником Церкви», в монашестве может соединяться с церковью не только внешней деятельностью и жизнью, но и внутренней жизнью «быть в союзе с её существом и духом». Существо же и дух церкви, по мысли Иоанна, составляют «жизнь не от мира, отрешение от мира и земли и всецелое направление к Богу». Таким образом, «путём глубочайшего самосознания и высшего развития своих коренных идей и стремлений Церковь дошла до соединения епископства с монашеством». Филарет (Дроздов) нашёл сочинение Иоанна «весьма полезным» и сделал в связи с его выводами лишь несколько небольших замечаний. По характеристике магистра Санкт-Петербургской духовной академии Александра Николаевича Надеждина, Иоанн – «глубокомысленный богослов, обладавший блестящей диалектикой и тонким философским анализом, оригинальной аргументацией, свободной и сильной ораторской речью. Он является одним из наиболее знаменитых представителей прежней диалектической школы богословия, – большей частью сухо отвлечённой, не чуждой схоластичности и не признававшей историко-литературной постановки науки; но в лекциях преосвященника Иоанна эта школа представила, можно сказать, всё, что у неё было наиболее живого, увлекательного и плодотворного». «В преподавании богословия Иоанн был очень смелым мыслителем, – отмечал протоиерей Георгий Флоровский. – Экзаменовать Иоанн имел обыкновение по Макарию; т.е. по «Православно-догматическому богословию» митрополита Макария (Булгакова), и с этой книгою в руках приходил в аудиторию. Но его собственные лекции совсем не были похожи на Макариевское изложение. Это были, скорее, свободные беседы со слушателями, рассчитанные не на сообщение им всех нужных сведений или знаний, и не на запоминание, но только на то, чтобы пробудить их мысль и вовлечь её в исследование и созерцание самого изучаемого предмета... Как удачно определяет его манеру один из его слушателей по Казани, Иоанн излагал на своих лекциях то, что «может естественный разум сказать сам от себя о предметах, познание о которых сообщается нам Откровением». Это бывали всегда, скорее, лекции по христианской философии, чем собственно по догматике. Иоанн старался разумом прийти к Откровению, а не начинал с него».