Ещё за два года до окончательного осуществления реформы в «Слове об освобождении крестьян» Иоанн критиковал крепостное право, разбирал с христианской точки зрения вопросы рабства и свободы. Крестьянская реформа, по мысли Иоанна, неизбежно ставила вопрос о народном просвещении, которому он посвятил статью «Несколько слов о вере в народном просвещении России» и ряд других, в которых выступал против мнения, будто вера препятствует прогрессу, показывал «недостаточность гуманности и нелепость натурализма и социализма, как руководительных начал для усовершенствования русского народа», определял «характер духовного просвещения вообще». В статье «Общество и духовенство» Иоанн описывал состояние современного общества, положение в нём духовенства и делал вывод, что если духовные лица не вполне отвечают своему призванию и обязанностям, то определённая вина в этом лежит на обществе. По поводу данной публикации князь Пётр Андреевич Вяземский писал 31 мая 1859 г.: «...Из всей статьи слышно, что духовенству нашему недостаёт независимости, что и весьма справедливо. Духовенство наше на армейском положении. Есть между ними солдаты, обер- и штаб-офицеры, есть даже и генерал-аншефы, но все они без изъятия подчинены светской власти». Многие проповеди Иоанна (особенно начиная с 1865 г.) посвящены социальным вопросам: воспитанию семейному и общественному, гласности и оживлению печатного слова, служению обществу и отечеству, характеру современных лжеучений, законам нравственной жизни человека, условиям истинного человеческого счастья, женскому образованию и женской эмансипации, отношению богооткровенной истины к свободе человеческого духа и совести, основным законам жизни народов, свободе политической и гражданской, принципам суда и судящей совести, Голгофской Жертве Иисуса Христа в отношении к современности, внутренней связи мира физического и духовно-нравственного, значению религиозной силы в народе по отношению к идее прогресса, цивилизации и свободы, монашеству в связи с современной нравственностью и просвещением. К проповеднической деятельности Иоанна исследователи относят также конспект тем для катехизических поучений, составленный им в качестве руководства для сельского духовенства Смоленской епархии. Конспект разделён на 64 беседы и содержит помимо материала для поучений в вопросах и ответах наставления о том, как составлять поучения, чтобы они воспринимались народом.