Они имеют особое значение, поскольку впоследствии Иоанн читал лекции без записи, студенты записывали его импровизации; Иоанн иногда просматривал их конспекты. Рукопись с подписью на первом листе: «Это – моё дело и писано собственною моею рукою...», – была подарена автором в период ректорства в Казанской духовной академии одной из его знакомых, по наставлению Иоанна принявшей монашество. Впоследствии рукопись была приобретена редакцией Санкт-Петербургского «Духовного вестника» (при посредстве св. Иоанна Кронштадтского), в котором отдельные части были напечатаны в 1896–1897 гг. Исследователи полагают, что по мнению А.Н. Надеждина, из тех же лекций по деятельному богословию Иоанн выбрал для публикации статью «Вера – основание истинной нравственности», изданную в «Православном собеседнике» в 1857 г. и также включённую в сборник в качестве первого раздела чтений по деятельному богословию. В целом рукопись лекций имеет вид черновых заметок, встречаются повторения. Лекции не представляют целостной системы, лишь в начале третьей части (раздел «Аскетика») делается попытка систематизации с определениями, отдельными заголовками (например, «О силах духовных, потребных для подвигов христианского благочестия», «О нравственном состоянии человека, благодатью возрожденного», «О законе Евангельском» и др.) и более сжатой формой изложения. Основанием подлинной нравственной жизни, по мысли Иоанна, является вера. Без веры нет, и не может быть истинной добродетели, потому что только вера даёт возвышенные нравственные побуждения к добру. Иоанн критикует попытки основать нравственность на одном естественном чувстве добра независимо от веры. Такие воззрения, по сути, возобновляют дохристианские, языческие представления, способные вновь привести человечество к «всеобщему безграничному преобладанию личного самолюбия, неукротимых страстей, необузданной чувственности, нагло-бесстыдствовавших пороков, затем – к совершенному расслаблению духа, беспечности и равнодушию ко всему, разочарованию во всём – и в самой жизни». Только в существе Верховном и бесконечном, в своём Творце, человек может найти первообраз нравственного совершенства. Вместе с тем христианская вера открывает человеку благодатные средства, которые Бог дарует ему «для нравственного возрождения, обновления и укрепления души, боримой грехом, для очищения её в самом грехопадении, вольном или невольном». Отсюда проистекает величайшая нравственная сила веры: она успокаивает наш дух «при виде в мире всеобщей борьбы добра и зла; она укрепляет нас в собственных наших борениях со злом, внутри нас самих; она воодушевляет к препобеждению зла; она умиляет и смягчает сердце наше в самих нравственных падениях, и потому делает нас всегда способными и благонадежными к восстанию».